Overview of Selected Molecular Subt

Overview of Selected Molecular Subtyping Methods
As discussed in the previous section, C. jejuni has considerable genetic diversity. According to Wassenaar and Newell , a combination of subtyping methods might be required for studying C. jejunibecause diversity and recombination levels might render the use of a single typing method of limited value when applied in an epidemiologic context. Some of the early phenotypic methods (e.g., biotyping and serotyping) are still used today for subtyping ofC. jejuni. However, a number of disadvantages are associated with these methods, such as lack of standardization, poor discriminatory ability, and lack of commercially available high-quality reagents Since the 1980s, subtyping of C. ejunifor
public health and food safety purposes has benefited from the emergence of various genotypic typing methods. Table 11.2 highlights the main features of some of the
commonly used genotypic typing methods for C. jejuni.Contribution of Subtyping to Understanding Campylobacter Epidemiology over the last 2 decades, molecular subtyping of Campylobacterspp. has provided valuable clinical and epidemiologic contributions, of which some are described below. Outbreak Investigations
The method of pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) has been useful in including or excluding cases of cam pylobacter enteritis from outbreaks .The most extensive use of PFGE to support outbreak investigation of campylobacter enteritis has been within USA PulseNet, in which more than 2,500 profiles have been identified using standardized methods . Applying multilocus sequence typing (MLST) to Campylobacter isolates from several outbreaks has been less discriminatory than PFGE in identifying which cases are outbreak related and which are not . However, a combination of MLST and highly variable gene subtyping methods should increase discrimination to enable this function, thereby providing discrimination of isolates
at least equivalent to that achieved with PFGE. This approach of combining MLST with variable gene sequences typing is being developed. Host Association
Recent findings from MLST-based studies have provided evidence for possible association of certain C. jejunisubtypes with specific hosts. Interestingly, the association
between Campylobacter subtypes and certain hosts has shown a robustness to even large geographic distances. For example, relationships have been observed between
clonal complex 61 (CC-61) and cattle, CC-257 and poultry, and CC-403 and pigs; and also, perhaps less stringently, between CC-45 and poultry and wild birds,
and CC-42 and sheep .Despite the fact that some C. jejuniclonal complexes show consistent associations with certain hosts, others such as CC-21 are widely distributed in multiple hosts (e.g., farm animals, humans, pets, wild birds, and environmental
samples).Source Attribution The philosophy behind the source attribution approach
is that control of Campylobacter in the reservoir will prevent subsequent human exposure, regardless of the transmission route or vehicle identity. DNA-based subtyping studies, especially those considering regional and temporal aspects in the study design, provided important insight over sources of clinical strains ofC. jejuni. In The etherlands, using amplification fragment length polymorphism (AFLP) typing, Duim et al. observed an overlap between the genotypes of C. jejunifrom poultry flocks and those from human clinical strains within the same locality. An analogous finding was reported in
a study in New Zealand, where C. jejuniPFGE subtypes of human origin matched closely with subtypes from chicken meat, compared to isolates from other veterinary and environmental sources . In Finland, based on PFGE typing, Hänninen et al. concluded that over three subsequent years chicken meat was the most
important source of human infection in the Helsinki region. In the same study, certain genotypes (PFGE based and confirmed by AFLP) persisted throughout the
3-year-time period, suggesting that common Finnish C. jejunigenotypes from selected lineages are able to colonize both humans and chickens and that these genotypes
persist from one year to another. Furthermore, findings of other DNA-based typing studies suggest a role of farm animals and wildlife hosts in Campylobacterinfection of humans and broiler flocks Despite the value of DNA-based subtyping studies,
conclusions from these studies are limited to a crude and qualitative indication of an overlap between clinical cases and infection source strains of Campylobacter.
Adding to that, lack of a unified nomenclature for farm animals and wildlife hosts in Campylobacterinfection of humans and broiler flocks . Despite the value of DNA-based subtyping studies, conclusions from these studies are limited to a crude
and qualitative indi

Kết quả (Việt) 1:

Tổng quan về các lựa chọn phương pháp phân tử SubtypingNhư được thảo luận trong phần trước, C. jejuni có đáng kể sự đa dạng di truyền. Theo Wassenaar và Newell, một sự kết hợp của subtyping phương pháp có thể được yêu cầu cho việc học tập đa dạng C. jejunibecause và gen mức có thể làm cho việc sử dụng một phương pháp đánh máy duy nhất của giá trị giới hạn khi áp dụng trong một bối cảnh dịch tễ. Một số trong những phương pháp kiểu hình đầu, (ví dụ như, biotyping và serotyping) vẫn còn được sử dụng vào ngày hôm nay cho subtyping ofC. jejuni. Tuy nhiên, một số bất lợi được liên kết với những phương pháp này, chẳng hạn như thiếu tiêu chuẩn hóa, khả năng phân biệt đối xử kém và thiếu thuốc thử chất lượng cao thương mại có sẵn kể từ những năm 1980, subtyping của C. ejunifor mục đích an toàn sức khỏe cộng đồng và thực phẩm đã hưởng lợi từ sự nổi lên của các phương pháp genotypic đánh máy. Bảng 11.2 làm nổi bật các tính năng chính của một số các thường được sử dụng genotypic phương pháp đánh máy cho C. jejuni. Đóng góp của Subtyping để dịch tễ học Campylobacter sự hiểu biết trong những thập kỷ cuối 2, phân tử subtyping của Campylobacterspp. đã cung cấp có giá trị đóng góp lâm sàng và dịch tễ, trong đó một số được mô tả dưới đây. Ổ dịch điều tra Phương pháp của lĩnh vực xung gel điện (PFGE) đã được hữu ích trong bao gồm hoặc loại trừ các trường hợp của cam pylobacter ruột từ dịch. Việc sử dụng lớn nhất của PFGE để hỗ trợ các ổ dịch điều tra của campylobacter ruột đã trong vòng Hoa Kỳ PulseNet, trong đó hơn 2.500 hồ sơ đã được xác định bằng cách sử dụng phương pháp tiêu chuẩn hóa. Áp dụng trình tự multilocus gõ (MLST) cho Campylobacter chủng từ nhiều dịch đã phân biệt đối xử ít hơn PFGE trong việc xác định những trường hợp là phát sinh ổ dịch liên quan và không. Tuy nhiên, một sự kết hợp của MLST và hay thay đổi gen subtyping phương pháp nên tăng phân biệt đối xử để kích hoạt chức năng này, do đó cung cấp phân biệt đối xử của chủng tối thiểu tương đương để đạt được với PFGE. Cách tiếp cận này kết hợp MLST với trình tự gen biến gõ đang được phát triển. Hiệp hội chủ nhà Những phát hiện tại từ MLST dựa trên nghiên cứu đã cung cấp bằng chứng cho Hiệp hội có thể một số jejunisubtypes C. với máy chủ cụ thể. Điều thú vị, các Hiệp hội giữa Campylobacter phân nhóm và máy chủ nhất định đã hiển thị một mạnh mẽ để khoảng cách địa lý thậm chí lớn. Ví dụ, mối quan hệ đã được quan sát thấy giữa vô tính phức tạp 61 (CC-61) và gia súc, CC-257 và gia cầm, và CC-403 và lợn; và ngoài ra, có lẽ ít nghiêm ngặt, giữa CC-45 và chăn nuôi gia cầm và chim hoang dã, và CC-42 và cừu. Mặc dù thực tế là một số tổ hợp C. jejuniclonal Hiển thị các Hiệp hội phù hợp với một số máy chủ, những người khác như CC-21 được phân bố rộng trong nhiều máy chủ (ví dụ: trang trại động vật, con người, động vật, chim hoang dã, và môi trường mẫu). Nguồn ghi những triết lý phía sau cách tiếp cận nguồn ghi công là quyền kiểm soát của Campylobacter trong hồ chứa sẽ ngăn chặn tiếp theo con người tiếp xúc, bất kể truyền tuyến đường hoặc phương tiện nhận dạng. Dựa trên ADN subtyping nghiên cứu, đặc biệt là những người xem xét khía cạnh khu vực và thời gian trong việc thiết kế nghiên cứu, cung cấp cái nhìn sâu sắc quan trọng trong nguồn của lâm sàng giống ofC. jejuni. Trong etherlands, bằng cách sử dụng khuếch đại đoạn chiều dài đa hình (GENET) gõ, Duim et al. quan sát sự chồng chéo giữa các kiểu gen của C. jejunifrom gia cầm đàn gia cầm và những người từ con người lâm sàng chủng trong cùng một địa phương. Một tìm kiếm tương tự như đã được báo cáo trong một nghiên cứu ở New Zealand, nơi C. jejuniPFGE phân nhóm của nguồn gốc của con người kết hợp chặt chẽ với các phân nhóm từ thịt gà, so với chủng từ các nguồn khác thú y và môi trường. Tại Phần Lan, dựa trên PFGE đánh máy, Hänninen et al. kết luận rằng thịt gà hơn ba năm tiếp theo đã nhiều nhất nguồn quan trọng của các nhiễm trùng của con người trong vùng Helsinki. Trong nghiên cứu tương tự, một số kiểu gen (PFGE dựa và xác nhận bởi GENET) tiếp tục tồn tại trong suốt các khoảng 3-năm-thời gian, cho thấy rằng phổ biến Phần Lan C. jejunigenotypes từ dòng dõi được chọn có thể xâm chiếm cả con người và gà và rằng những kiểu gen kéo dài từ một năm khác. Hơn nữa, những phát hiện của nghiên cứu đánh máy khác DNA Dựa trên đề nghị một vai trò của vật nuôi và động vật hoang dã máy chủ trong Campylobacterinfection của con người và xúc xích đàn mặc dù giá trị của DNA Dựa trên nghiên cứu subtyping, kết luận từ các nghiên cứu này được giới hạn trong một dấu hiệu cho thấy thô và chất lượng của sự chồng chéo giữa các trường hợp lâm sàng và nhiễm nguồn chủng Campylobacter. Thêm vào đó, thiếu một danh pháp thống nhất cho vật nuôi và động vật hoang dã máy chủ trong Campylobacterinfection của con người và xúc xích đàn gia cầm. Mặc dù giá trị của DNA Dựa trên nghiên cứu subtyping, kết luận từ các nghiên cứu này được giới hạn trong một thô và chất lượng indi

Kết quả (Việt) 2:

Tổng quan về phương pháp chọn lọc phân tử subtyping
Như đã thảo luận trong phần trước, C. jejuni có đa dạng di truyền đáng kể. Theo Wassenaar và Newell, một sự kết hợp các phương pháp subtyping có thể được yêu cầu cho việc học tập C. jejunibecause đa dạng và tái tổ hợp mức có thể làm cho việc sử dụng một phương pháp gõ đơn giá trị hạn chế khi áp dụng trong bối cảnh dịch tễ. Một số phương pháp kiểu hình đầu (ví dụ, biotyping và serotyping) vẫn được sử dụng ngày hôm nay để subtyping OFC. jejuni. Tuy nhiên, một số nhược điểm được kết hợp với các phương pháp này, chẳng hạn như thiếu chuẩn hóa, khả năng phân biệt đối xử kém và thiếu thương mại sẵn có thuốc thử chất lượng cao Từ những năm 1980, subtyping của C. ejunifor
mục đích y tế và an toàn thực phẩm nào đã được hưởng lợi từ các xuất hiện của các phương pháp đánh máy kiểu gen khác nhau. Bảng 11.2 điểm nổi bật các tính năng chính của một số các
phương pháp đánh máy kiểu gen thường được sử dụng cho C. jejuni.Contribution của subtyping để Hiểu Campylobacter Dịch tễ học trong 2 thập kỷ qua, subtyping phân tử của Campylobacterspp. đã cung cấp các khoản đóng góp lâm sàng và dịch tễ học có giá trị, trong đó một số được mô tả dưới đây. Điều tra Outbreak
Phương pháp xung-field gel electrophoresis (PFGE) đã được hữu ích trong bao gồm hoặc không bao gồm các trường hợp cam pylobacter ruột từ các ổ dịch .Công sử dụng rộng rãi nhất của PFGE để hỗ trợ điều tra ổ dịch của campylobacter ruột đã được trong nước Mỹ PulseNet, trong đó hơn hơn 2.500 hồ sơ đã được xác định bằng cách sử dụng phương pháp tiêu chuẩn. Áp dụng gõ chuỗi multilocus (MLST) để Campylobacter phân lập từ nhiều đợt bùng phát đã được ít phân biệt đối xử hơn PFGE trong việc xác định trường hợp nào là dịch liên quan và không được. Tuy nhiên, một sự kết hợp của MLST và phương pháp subtyping gen biến đổi cao nên tăng phân biệt đối xử để kích hoạt chức năng này, do đó cung cấp sự phân biệt chủng
ít nhất là tương đương với đạt được với PFGE. Cách tiếp cận này kết hợp MLST với trình tự gen biến gõ đang được phát triển. Tổ chức Hiệp hội
phát hiện gần đây từ các nghiên cứu MLST dựa trên đã cung cấp bằng chứng cho khả năng kết hợp của một số jejunisubtypes C. với các host cụ thể. Thật thú vị, các hiệp hội
giữa các phân typ Campylobacter host nào đó đã thể hiện một vững mạnh để khoảng cách địa lý thậm chí còn lớn. Ví dụ, các mối quan hệ đã được quan sát thấy giữa
dòng vô tính phức tạp 61 (CC-61) và gia súc, CC-257 và gia cầm, và CC-403 và lợn; và cũng có thể, có lẽ ít nghiêm ngặt, giữa CC-45, gia cầm và chim hoang dã,
và CC-42 và cừu .Despite thực tế là một số jejuniclonal C. phức cho các hiệp hội phù hợp với các host nào đó, những người khác như CC-21 được phân phối rộng rãi trong nhiều host (ví dụ, vật nuôi, con người, vật nuôi, chim hoang dã và môi trường
mẫu) .Source Ghi Triết lý đằng sau các phương pháp tiếp cận các nguồn thông tin
là kiểm soát của Campylobacter trong hồ chứa sẽ ngăn chặn con người tiếp xúc tiếp theo, không phụ thuộc vào đường truyền tải hoặc xe bản sắc. Nghiên cứu subtyping dựa trên DNA, đặc biệt là những người xem xét các khía cạnh khu vực và thời gian trong việc thiết kế nghiên cứu, cung cấp cái nhìn sâu sắc quan trọng đối với các nguồn giống lâm sàng OFC. jejuni. In The etherlands, sử dụng khuếch đại độ dài đoạn đa hình (AFLP) đánh máy, Duim et al. quan sát thấy sự chồng chéo giữa các kiểu gen của C. jejunifrom đàn gia cầm và những người từ các chủng lâm sàng của con người trong cùng một địa bàn. Một phát hiện tương tự đã được báo cáo trong
một nghiên cứu ở New Zealand, nơi C. jejuniPFGE phân nhóm nguồn gốc của con người kết hợp chặt chẽ với các phân nhóm từ thịt gà, so với các phân lập từ các nguồn thú y và môi trường khác. Ở Phần Lan, dựa trên PFGE đánh máy, Hänninen et al. kết luận rằng hơn ba năm tiếp theo thịt gà là hầu hết
nguồn quan trọng của bệnh nhiễm trùng ở khu vực Helsinki. Trong các nghiên cứu tương tự, kiểu gen nhất định (dựa PFGE và xác nhận bởi AFLP) tiếp tục tồn tại trong suốt
khoảng thời gian 3 năm thời gian, gợi ý rằng C. jejunigenotypes Phần Lan phổ biến từ dòng giống được lựa chọn có thể xâm chiếm cả người và gà và rằng những kiểu gen
tồn tại từ một năm khác. Hơn nữa, kết quả của các nghiên cứu đánh máy dựa trên DNA khác cho thấy vai trò của vật nuôi và vật chủ động vật hoang dã trong Campylobacterinfection của con người và bầy gà thịt Mặc dù giá trị của nghiên cứu subtyping dựa trên DNA,
kết luận từ những nghiên cứu được giới hạn cho một thô và chỉ số định tính của một chồng chéo giữa các trường hợp lâm sàng và chủng nguồn lây nhiễm Campylobacter.
Thêm vào đó, việc thiếu một thuật ngữ thống nhất cho vật nuôi và động vật hoang dã ở các host Campylobacterinfection của con người và bầy gà thịt. Mặc dù giá trị của nghiên cứu subtyping dựa trên DNA, kết luận từ những nghiên cứu được giới hạn cho một thô
indi và định lượng