2.2. Characterisation of community

2.2. Characterisation of community composition

The relative abundance of bacterial communities as obtained in the

three tissues evaluated is shown in Fig. 1. Of the three tissues analysed,

Proteobacteria sub-phylum is predominant followed by Firmicutes,

Actinobacteria and Bacteroidetes. It was noted that the stem tissue has

more of the genus—Pseudomonas and unclassified Pseudomonadaceae

than the root and leaf tissues. On the contrary, leaf tissues have more

of genus—Propionibacterium, Serratia and Brevibacterium than the root

and stem tissues (refer supplementary Tables S2 and S3). In all, the

root tissues have the highest richness of the four bacteria groupings.

Computational analyses of the α-diversity estimated the richness

and diversity of the three samples at OTU cutoffs of 1 distance units

(by using the number of observed OTUs). Chao1 estimated minimum

number of OTUs, and inverse Simpson diversity index indicates the rich-
ness of the communities (refer supplementary Fig. S4). Chao1 curves

continue to climb with sampling; however, the inverse Simpson diver-
sity indices are relatively stable. The summary table of the diversity

gave us the insight to the sampling coverage of the communities

which is well above 99%. Also, there are significant differences of theobserved OTUs and diversity or richness of the communities (Table 4) in

the tissues as computed by mothur pipeline.

Kết quả (Việt) 1:

2.2. characterisation thành phần cộng đồngSự phong phú tương đối của các cộng đồng vi khuẩn như thu được trong cácba mô đánh giá thể hiện trong hình 1. Ba mô phân tích,Sơ tiểu ngành là chủ yếu theo Firmicutes,Actinobacteria và Bacteroidetes. Nó đã được ghi nhận rằng các tế bào stem cóthêm thuộc chi — Pseudomonas và Pseudomonadaceae không phân loạiso với các mô rễ và lá. Ngược lại, lá mô có nhiều hơn nữachi — Propionibacterium, Serratia và Brevibacterium hơn gốcvà ngăn chặn các mô (tham khảo bổ sung bảng S2 và S3). Trong tất cả, cácgốc mô có phong phú cao nhất của nhóm bốn vi khuẩn.Ước tính các phân tích tính toán α-sự đa dạng phong phúvà sự đa dạng của các mẫu ba tại OTU cutoffs khoảng cách 1 đơn vị(bằng cách sử dụng số lượng quan sát OTUs). Chao1 ước tính tối thiểusố OTUs, và nghịch đảo Simpson đa dạng chỉ số cho biết phong phú-Ness của cộng đồng (tham khảo hình bổ sung. S4). Đường cong Chao1tiếp tục lên cao với mẫu; Tuy nhiên, nghịch đảo Simpson diver -sity chỉ là tương đối ổn định. Bảng tóm tắt của sự đa dạngđã cho chúng tôi cái nhìn sâu sắc phạm vi bảo hiểm mẫu của các cộng đồngđó là cao hơn 99%. Ngoài ra, không có sự khác biệt đáng kể của theobserved OTUs và đa dạng hoặc sự phong phú của các cộng đồng (bảng 4) trongCác mô như tính bằng đường ống mothur.

Kết quả (Việt) 2:

2.2. Định tính chất của thành phần cộng đồng

tương đối dồi dào của các cộng đồng vi khuẩn như thu được trong

ba mô đánh giá được hiển thị trong hình. 1. Trong ba mô phân tích,

Proteobacteria phụ phylum đang chiếm ưu thế sau Firmicutes,

Actinobacteria và Bacteroidetes. Cần lưu ý rằng các mô thân có

nhiều chi-Pseudomonas và không được phân loại Pseudomonadaceae

hơn các mô rễ và lá. Ngược lại, mô lá có nhiều

của chi-Propionibacterium, Serratia và Brevibacterium hơn gốc

và thân cây mô (tham khảo bảng bổ sung S2 và S3). Trong tất cả, các

mô rễ có sự phong phú cao nhất trong bốn nhóm vi khuẩn.

Phân tích tính toán của α-đa dạng ước tính sự phong phú

và đa dạng của ba mẫu tại OTU cutoffs của 1 đơn vị khoảng cách

(bằng cách sử dụng số lượng quan sát OTUs). Chao1 ước tính tối thiểu

số OTUs, và chỉ số nghịch đảo Simpson đa dạng cho thấy rich-
Ness của cộng đồng (tham khảo bổ sung hình. S4). Đường cong Chao1

tiếp tục leo lên với lấy mẫu; Tuy nhiên, nghịch đảo Simpson diver-
chỉ số sity là tương đối ổn định. Bảng tóm tắt về sự đa dạng

đã cho chúng ta cái nhìn sâu sắc đến độ bao phủ lấy mẫu của các cộng đồng

mà cũng là trên 99%. Ngoài ra, có những khác biệt đáng kể theobserved OTUs và đa dạng hoặc phong phú của cộng đồng (Bảng 4) trong

các mô như tính toán của đường ống mothur.