Oligonucleotide microarrays often c

Oligonucleotide microarrays often carry control probes designed to hybridize with RNA spike-ins. The degree of hybridization between the spike-ins and the control probes is used to normalize the hybridization measurements for the target probes. Although absolute levels of gene expression may be determined in the two-color array in rare instances, the relative differences in expression among different spots within a sample and between samples is the preferred method of data analysis for the two-color system. Examples of providers for such microarrays includes Agilent with their Dual-Mode platform, Eppendorf with their DualChip platform for colorimetric Silverquant labeling, and TeleChem International with Arrayit.

In single-channel microarrays or one-color microarrays, the arrays provide intensity data for each probe or probe set indicating a relative level of hybridization with the labeled target. However, they do not truly indicate abundance levels of a gene but rather relative abundance when compared to other samples or conditions when processed in the same experiment. Each RNA molecule encounters protocol and batch-specific bias during amplification, labeling, and hybridization phases of the experiment making comparisons between genes for the same microarray uninformative. The comparison of two conditions for the same gene requires two separate single-dye hybridizations. Several popular single-channel systems are the Affymetrix "Gene Chip", Illumina "Bead Chip", Agilent single-channel arrays, the Applied Microarrays "CodeLink" arrays, and the Eppendorf "DualChip & Silverquant". One strength of the single-dye system lies in the fact that an aberrant sample cannot affect the raw data derived from other samples, because each array chip is exposed to only one sample (as opposed to a two-color system in which a single low-quality sample may drastically impinge on overall data precision even if the other sample was of high quality). Another benefit is that data are more easily compared to arrays from different experiments as long as batch effects have been accounted for.

One channel microarray may be the only choice in some situations. Suppose {displaystyle i} i samples need to be compared: then the number of experiments required using the two channel arrays quickly becomes unfeasible, unless a sample is used as a reference.

Kết quả (Việt) 1:

Oligonucleotide microarrays thường thực hiện kiểm soát đầu dò được thiết kế để lai với RNA spike-in. Mức độ lai ghép giữa các cành-in và kiểm soát đầu dò được sử dụng để bình thường hóa các phép đo lai cho đầu dò mục tiêu. Mặc dù các cấp độ tuyệt đối của biểu hiện gen có thể được xác định trong mảng hai màu trong trường hợp hiếm, sự khác biệt tương đối trong biểu thức một trong những điểm khác nhau trong một mẫu và giữa mẫu là ưa thích phương pháp phân tích dữ liệu cho hệ thống hai màu. Ví dụ của các nhà cung cấp cho microarrays như vậy bao gồm Agilent với nền tảng của chế độ kép, Eppendorf với nền tảng của họ DualChip cho colorimetric Silverquant ghi nhãn, và TeleChem quốc tế với Arrayit.Trong đơn kênh microarrays hoặc một màu microarrays, các mảng cung cấp dữ liệu cường độ cho mỗi tàu thăm dò hoặc thăm dò thiết cho thấy một mức độ tương đối của lai ghép với các mục tiêu có nhãn. Tuy nhiên, họ không thực sự cho thấy mức độ phong phú của một gene nhưng sự phong phú tương đối khá so với các mẫu hoặc các điều kiện khi xử lý trong các thử nghiệm cùng một. Mỗi phân tử RNA gặp giao thức và thiên vị đặc trưng cho hàng loạt trong giai đoạn khuếch đại, nhãn mác và lai ghép của các thử nghiệm thực hiện so sánh giữa các gen cho microarray cùng uninformative. So sánh hai điều kiện cho các gen cùng một yêu cầu đơn thuốc nhuộm hybridizations hai riêng biệt. Một số hệ thống duy nhất-kênh phổ biến là Affymetrix "Gene Chip", Illumina "Hạt Chip", Agilent kênh đơn mảng, áp dụng Microarrays "CodeLink" mảng và Eppendorf "DualChip & Silverquant". Một trong những sức mạnh của hệ thống đơn thuốc nhuộm nằm trong một thực tế rằng một mẫu bất thường không ảnh hưởng đến các dữ liệu thô bắt nguồn từ các mẫu khác, bởi vì mỗi mảng chip được tiếp xúc với chỉ có một mẫu (như trái ngược với một hệ thống hai màu, trong đó một đơn mẫu chất lượng thấp có thể mạnh impinge trên dữ liệu tổng thể chính xác ngay cả khi các mẫu khác là chất lượng cao). Một lợi ích khác là rằng dữ liệu được dễ dàng hơn so sánh với mảng từ thí nghiệm khác nhau như hàng loạt hiệu ứng đã được chiếm.Một trong những kênh microarray có thể là sự lựa chọn duy nhất trong một số trường hợp. Giả sử {displaystyle i} i mẫu cần phải được so sánh: sau đó, một số thí nghiệm cần thiết bằng cách sử dụng mảng hai kênh một cách nhanh chóng trở nên không khả thi, trừ khi một mẫu được sử dụng như một tài liệu tham khảo.

Kết quả (Việt) 2:

Microarray oligonucleotide thường mang các đầu dò kiểm soát được thiết kế để lai với RNA spike-ins. Mức độ lai ghép giữa các cành-in và các thiết bị thăm dò điều khiển được sử dụng để bình thường hóa các phép đo lai cho các đầu dò mục tiêu. Mặc dù mức độ tuyệt đối của gen có thể được xác định trong mảng hai màu trong trường hợp hiếm hoi, sự khác biệt tương đối trong biểu hiện trong các điểm khác nhau trong một mẫu và giữa các mẫu là phương pháp ưa thích của phân tích dữ liệu cho hệ thống hai màu. Ví dụ về các nhà cung cấp cho microarray đó bao gồm cả Agilent với nền tảng Hai Chế độ của họ, Eppendorf với nền tảng DualChip của họ cho nhãn Silverquant đo màu, và TeleChem quốc tế với Arrayit.

Trong microarray đơn kênh hoặc microarray một màu, các mảng cung cấp số liệu cường độ cho mỗi đầu dò hoặc thăm dò bộ cho thấy một mức độ tương đối lai với mục tiêu ghi trên nhãn. Tuy nhiên, họ không thực sự chỉ ra mức độ phong phú của một gene mà phong phú hơn tương đối so với các mẫu hoặc các điều kiện khác khi chế biến trong các thí nghiệm tương tự. Mỗi phân tử RNA gặp giao thức và kiến hàng loạt cụ thể trong giai đoạn khuếch đại, ghi nhãn, lai tạo các thí nghiệm làm so sánh giữa các gene cho sự microarray cùng không đủ thông tin. Việc so sánh hai điều kiện cho các gen tương tự đòi hỏi hai hybridizations đơn thuốc nhuộm riêng biệt. Một số hệ thống đơn kênh phổ biến là Affymetrix "Gene Chip", Illumina "Bead Chip", Agilent mảng đơn kênh, các ứng dụng gen chip "CodeLink" mảng, và Eppendorf "DualChip & Silverquant". Một sức mạnh của hệ thống đơn thuốc nhuộm nằm trong thực tế là một mẫu khác thường không thể ảnh hưởng đến các dữ liệu thô có nguồn gốc từ các mẫu khác, vì mỗi chip mảng được tiếp xúc với chỉ có một mẫu (như trái ngược với một hệ thống hai màu trong đó một đơn thấp mẫu -Chất thể mạnh đập vào độ chính xác dữ liệu tổng thể thậm chí nếu các mẫu khác là chất lượng cao). Một lợi ích khác là dữ liệu được dễ dàng hơn so với các mảng từ các thí nghiệm khác nhau miễn là hiệu ứng hàng loạt đã được chiếm.

Một kênh microarray có thể là lựa chọn duy nhất trong một số tình huống. Giả sử { displaystyle i} i mẫu cần phải được so sánh: sau đó số lượng thí nghiệm yêu cầu sử dụng hai mảng kênh nhanh chóng trở nên không khả thi, trừ khi một mẫu được sử dụng như một tài liệu tham khảo.