Legionella spp. are important water

Legionella spp. are important waterborne pathogens that are normally transmitted through aerosols. The present work was conducted to investigate the presence of Legionella spp. and its common species in hospital water supplies. Considering the limitations of culture method, polymerase chain reaction (PCR) assays were developed to detect the gene 16S rRNA irrespective of the bacterial serotype. Four well-established DNA extraction protocols (freeze & thaw and phenol-chloroform as two manual protocols and two commercial kits) were tested and evaluated to release DNA from bacterial cells. A total of 45 samples were collected from seven distinct hospitals’ sites during a period of 10 months. The PCR assay was used to amplify a 654-bp fragment of the 16S rRNA gene. Legionella were detected in 13 samples (28.9%) by all of the methods applied for DNA extraction. Significant differences were noted in the yield of extracted nucleic acids. Legionella were not detected in any of the samples when DNA extraction by freeze & thaw was used. Excluding this method and comparing manual protocol with commercial kits, Kappa coefficient was calculated as 0.619 with p < 0.05. Although no meaningful differences were found between the kits, DNA extraction with Bioneer kit exhibited a higher sensitivity than classical Qiagen. Showerheads and cold-water taps were the most and least contaminated sources with 55.5 and 9 percent positive samples, respectively. Moreover two positive samples were identified for species by DNA sequencing and submitted to the Gene Bank database with accession Nos. FJ480932 and FJ480933. The results obtained showed that despite the advantages of molecular assays in Legionella tracing in environmental sources, the use of optimised DNA extraction methods is critical.

Kết quả (Việt) 1:

Legionella spp. là quan trọng tác nhân gây bệnh nghề thường được truyền thông qua bình xịt. Công việc hiện nay được tiến hành để điều tra sự hiện diện của Legionella spp. và các loài phổ biến trong nguồn cung cấp nước của bệnh viện. Xem xét những hạn chế của phương pháp văn hóa, trùng hợp phản ứng dây chuyền (PCR) thử nghiệm được phát triển để phát hiện các gen 16S rRNA không phân biệt serotype vi khuẩn. Bốn cũng thành lập DNA khai thác giao thức (đóng băng và tan băng và phenol-clorofom là giao thức hướng dẫn sử dụng hai và hai bộ dụng cụ thương mại) đã được thử nghiệm và đánh giá để phát hành các DNA từ vi khuẩn tế bào. Tổng cộng 45 mẫu đã được thu thập từ các trang web của bệnh viện khác biệt bảy trong một khoảng thời gian 10 tháng. Đảng Cộng sản Romania khảo nghiệm được sử dụng để khuyếch đại một mảnh 654-bp của 16S rRNA gene. Legionella đã được phát hiện trong 13 mẫu (28.9%) của tất cả các phương pháp được áp dụng cho khai thác DNA. Sự khác biệt đáng kể đã được ghi nhận trong sản lượng trong chiết xuất axit nucleic. Legionella đã không được phát hiện trong bất kỳ các mẫu khi DNA khai thác bởi đóng băng và tan băng đã được sử dụng. Không bao gồm các phương pháp này và so sánh các giao thức hướng dẫn sử dụng với bộ dụng cụ thương mại, Kappa hệ số đã được tính toán như 0.619 với p < 0,05. Mặc dù không có sự khác biệt có ý nghĩa đã được tìm thấy giữa các bộ dụng cụ, DNA khai thác với Bioneer kit trưng bày một độ nhạy cảm cao hơn Qiagen cổ điển. Sen và lạnh vòi là nguồn nhất và ít nhất là bị ô nhiễm với 55.5 và 9 phần trăm tích cực mẫu, tương ứng. Hơn nữa hai mẫu tích cực đã được xác định cho loài bởi trình tự DNA và nộp cho cơ sở dữ liệu ngân hàng gen với lên ngôi Nos. FJ480932 và FJ480933. Kết quả thu được cho thấy rằng mặc dù những lợi thế của các thử nghiệm phân tử trong Legionella truy tìm trong nguồn môi trường, việc sử dụng các phương pháp khai thác tối ưu hóa của DNA là rất quan trọng.

Kết quả (Việt) 2:

Legionella spp. là tác nhân gây bệnh qua đường nước quan trọng mà thường được lây truyền qua các sol khí. Công việc hiện nay được tiến hành điều tra sự hiện diện của Legionella spp. và các loài phổ biến của nó trong nguồn nước bệnh viện. Xem xét những hạn chế của phương pháp nuôi cấy, phản ứng chuỗi polymerase (PCR) xét nghiệm đã được phát triển để phát hiện các gen rRNA 16S không phân biệt các type huyết thanh của vi khuẩn. Bốn giao thức chiết DNA cũng như thành lập (đóng băng và tan băng và phenol-chloroform như hai giao thức nhãn hiệu và hai bộ dụng cụ thương mại) được thử nghiệm và đánh giá để giải phóng DNA từ tế bào vi khuẩn. Tổng cộng có 45 mẫu được thu thập từ các trang web bảy bệnh viện riêng biệt 'trong thời gian 10 tháng. Xét nghiệm PCR được dùng để khuếch đại một mảnh 654-bp của gen 16S rRNA. Legionella được phát hiện trong 13 mẫu (28,9%) của tất cả các phương pháp áp dụng để chiết xuất DNA. Sự khác biệt có ý nghĩa về năng suất của các axit nucleic trích xuất. Legionella không được phát hiện trong bất kỳ mẫu nào khi tách chiết DNA bằng cách đóng băng và tan băng đã được sử dụng. Trừ phương pháp này và so sánh giao thức nhãn với bộ dụng cụ thương mại, hệ số Kappa đã được tính toán như 0,619 với p <0,05. Mặc dù có sự khác biệt có ý nghĩa đã được tìm thấy giữa các bộ dụng cụ, chiết DNA với Bioneer kit trưng bày một sự nhạy cảm cao hơn so với cổ điển Qiagen. Vòi hoa sen và vòi nước lạnh là nhất và bị ô nhiễm nhất là các nguồn có 55,5 phần trăm và 9 mẫu dương tính, tương ứng. Hơn nữa hai mẫu dương tính đã được xác định cho các loài bởi trình tự DNA và nộp cho cơ sở dữ liệu Gene Bank với việc gia nhập Nos. FJ480932 và FJ480933. Các kết quả thu được cho thấy rằng mặc dù có những lợi thế của các xét nghiệm phân tử trong Legionella truy tìm trong các nguồn môi trường, việc sử dụng các phương pháp tách chiết DNA tối ưu hóa là rất quan trọng.