The average read size was used in a

The average read size was used in analysis for each strain was 400 nt. De novo assembly yielded 77 and 113 contigs for A1VSSA and A2-VISA, respectively, composed of over 40 million total bases, with average read lengths of over 350 bp and a GC content of 32%.BLAST analysis of the 7MLST alleles(http://www .mlst.net/)(25)and spa repeat pattern alignment(RidomSpaServer; www.spaserver.ridom.de) confirmed that both isolates were sequencetype8(ST8)andspat008(33). In order to determine the best reference, the 454 data were remappedagainstfinishedgenomesoftwovancomycin-susceptible USA300 strains, TCH1516 (NC_010079) and FPR3757 (NC_007793) (21, 35). The sequencing data for A1-VSSA and A2-VISA (experimental strains) covered the entire genomes of bothUSA300referencesequences(averagegenome-widenucleotide coverage of 14 and 13, respectively). Both experimental strains contained the entire sequences of the two plasmids from TCH1516 (pUSA01HOU and pUSA300HOUMR) (35, 44). Sequencing coverage for the smaller plasmid was between 200 and 1,000, while the larger plasmid was covered about 90 for A1VSSA and 200 for A2-VISA. There were at least 70 putative SNPs and one indel that A1VSSA and A2-VISA shared in common compared to either reference strain. Because our strains were more related to TCH1516, this genome was used as the reference strain for further comparative analysis. The complete list of variants discovered in the experimentalstrainsandTCH1516arelistedinTableS1inthesupplemental material. Additionally, we noted that two particular regions were divergent in the experimental strains and strain TCH1516. First, an approximately 600-bp region of the chromosome overlapping two tandem lipoproteins (USA300HOU_0109 and USA300HOU_0110) was missing in both experimental strains. Second, a putative noncoding RNA region annotated as

Kết quả (Việt) 2:

Kích thước đọc trung bình được sử dụng trong phân tích cho từng dòng là? Nt 400. De lắp ráp novo mang lại 77 và 113 contigs cho A1VSSA và A2-VISA, tương ứng, bao gồm hơn 40 triệu tổng số các căn cứ, với độ dài đọc trung bình của hơn 350 bp và một nội dung GC 32% phân tích .BLAST của alen 7MLST (http: // www .mlst.net /) (25) và spa lặp lại liên kết mô hình (RidomSpaServer; www.spaserver.ridom.de) con fi rmed rằng cả hai mẫu phân lập đều sequencetype8 (ST8) andspat008 (33). Để xác định các tài liệu tham khảo tốt nhất, các dữ liệu 454 là fi chủng USA300 nishedgenomesoftwovancomycin nhạy cảm remappedagainst, TCH1516 (NC_010079) và FPR3757 (NC_007793) (21, 35). Các dữ liệu trình tự cho A1-VSSA và A2-VISA (chủng thử nghiệm) bao phủ toàn bộ hệ gen của bothUSA300referencesequences (averagegenome-widenucleotide phủ sóng của 14? Và 13 ?, tương ứng). Cả hai chủng thử nghiệm chứa toàn bộ trình tự của hai plasmid từ TCH1516 (pUSA01HOU và pUSA300HOUMR) (35, 44). bảo trình tự cho các plasmid nhỏ hơn là giữa 200 và 1000 ?, trong khi các plasmid lớn được bao phủ khoảng 90? cho A1VSSA và? 200? cho A2-VISA. Có ít nhất 70 SNPs protein và một indel rằng A1VSSA và A2-VISA chia sẻ chung so với hoặc căng thẳng tài liệu tham khảo. Bởi vì chủng của chúng tôi là có liên quan đến TCH1516, gen này đã được sử dụng như là sự căng thẳng tài liệu tham khảo để phân tích so sánh thêm. Danh sách đầy đủ của các biến thể được phát hiện trong các tài liệu experimentalstrainsandTCH1516arelistedinTableS1inthesupplemental. Ngoài ra, chúng tôi ghi nhận rằng hai vùng cụ thể là khác nhau ở các chủng thử nghiệm và căng TCH1516. Đầu tiên, một khu vực khoảng 600 bp của nhiễm sắc thể chồng chéo hai lipoprotein song song (USA300HOU_0109 và USA300HOU_0110) đã mất tích trong cả hai chủng thử nghiệm. Thứ hai, một vùng RNA không mã hoá giả định như chú thích