4.6. Expression pattern investigati

4.6. Expression pattern investigation

The supplementary CEL files of GSE6901, GSE6893 [49], GSE14275 [24], and GSE7951 [50] were first obtained from NCBI Gene Expression Omnibus (GEO). The dChip (5/12, 2011) [51] was then used to nominalize the public microarray data. Only the present probe sets (Supplement 1) were included in further anal- yses. After cluster analysis, the expression patterns of the differ- entially expressed genes after heat stress treatment isolation were obtained. During the expression analysis in various tissues and organs, the specificity measure (SPM) value was used to define the specific expression pattern of a gene [52].

4.7. Quantitative real-time reverse transcription PCR

Quantitative real-time reverse transcription PCR (QPCR) was performed to confirm the expression of the obtained genes using DNHS under heat stress. cDNAs were synthesized by reverse tran- scription PCR using the M-MLV Reverse Transcriptase cDNA synthesis kit (Promega). Real-time PCR was performed with iQ 5 (Bio-Rad), and the amplification program was similar to that used by Dai et al. [22] with the exception of the annealing temperature being 62 C. The primers for QPCR were designed by Primer Express
2.0 and were synthesized by Sangon Biotech (Shanghai, China). All sequence information of the primer pairs are listed in Table 1. QPCR analyses were carried out using SYBR Premix Ex Taq II (TaKaRa). The relative expression levels of each gene were calculated using the expression level of ubiquitin as reference. Student’s t-test analysis was performed to determine the significance of each gene’s expression.

Acknowledgments

This work was supported by National Natural Science Founda- tion of China (31171535; 31101135); Zhejiang Provincial Science and Technology Bureau (2012C22039). The authors are grateful to the editors and the anonymous reviewers for their valuable comments and help.

Appendix A. Supplementary data

Supplementary data related to this article can be found at http://
dx.doi.org/10.1016/j.plaphy.2012.08.011.

References

[1] G.S. Khush, Green revolution: the way forward, Nat. Rev. Genet. 2 (2001) 815e
822.
[2] S.P. Long, D.R. Ort, More than taking the heat: crops and global change, Curr.
Opin. Plant Biol. 13 (2010) 241e248.
[3] E. Ruelland, A. Zachowski, How plants sense temperature, Environ. Exp. Bot.
69 (2010) 225e232.
[4] R. Mittler, A. Finka, P. Goloubinoff, How do plants feel the heat? Trends Bio- chem. Sci. 37 (2012) 118e125.
[5] S. Peng, J. Huang, J.E. Sheehy, R.C. Laza, R.M. Visperas, X. Zhong, G.S. Centeno,
G.S. Khush, K.G. Cassman, Rice yields decline with higher night temperature from global warming,
Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 101 (2004) 9971e9975.

Kết quả (Việt) 1:

4.6. biểu hiện mẫu điều traDòng CEL bổ sung của GSE6901, GSE6893 [49], GSE14275 [24] và GSE7951 [50] là chính thu được từ NCBI Gene Expression Omnibus (GEO). DChip (5/12, 2011) [51] sau đó được sử dụng để nominalize dữ liệu công cộng microarray. Chỉ hiện nay thăm dò bộ (bổ sung 1) đã được bao gồm trong hậu môn-yses tiếp tục. Sau khi phân tích cụm, các mô hình biểu hiện của khá-entially tỏ gen sau khi cô lập điều trị căng thẳng nhiệt đã thu được. Trong các phân tích biểu hiện trong các mô và cơ quan, giá trị đo (SPM) specificity được sử dụng để define các mô hình biểu hiện specific của một gen [52].4.7. định lượng thời gian thực phiên mã ngược lại PCRĐịnh lượng phiên mã ngược thời gian thực Đảng Cộng sản Romania (QPCR) đã được thực hiện để confirm biểu hiện của gen thu được bằng cách sử dụng DNHS bị căng thẳng nhiệt. cDNAs đã được tổng hợp bởi Đảng Cộng sản Romania đảo ngược trần-scription sử dụng M-MLV Reverse Transcriptase cDNA tổng hợp bộ (Promega). Đảng Cộng sản Romania thời gian thực được thực hiện với iQ 5 (Bio-Rad), và chương trình amplification là tương tự như được sử dụng bởi Dai et al. [22] ngoại trừ nhiệt độ tôi là 62 C. Lớp lót cho các QPCR được thiết kế bởi mồi nhận2.0 và đã được tổng hợp bởi Sangon công nghệ sinh học (Thượng Hải, Trung Quốc). Tất cả các thông tin trình tự của mồi cặp được liệt kê trong bảng 1. QPCR phân tích được thực hiện bằng cách sử dụng SYBR Premix Ex Taq II (TaKaRa). Các đơn vị tương đối biểu hiện mỗi gen đã được tính toán bằng cách sử dụng mức độ biểu hiện của ubiquitin là tài liệu tham khảo. Sinh viên của t-thử nghiệm phân tích được thực hiện để xác định significance biểu hiện mỗi gen.AcknowledgmentsCông việc này được ủng hộ bởi khoa học tự nhiên quốc gia Founda - tion của Trung Quốc (31171535; 31101135); Tỉnh Zhejiang khoa học và công nghệ Cục (2012C 22039). Các tác giả được biết ơn đối với các biên tập viên và các reviewers vô danh với ý kiến có giá trị và giúp đỡ của họ.Phụ lục A. ngân dữ liệuBổ sung dữ liệu liên quan đến bài viết này có thể được tìm thấy tại http://DX.Doi.org/10.1016/j.plaphy.2012.08.011.Tài liệu tham khảo[1] G.S. Khush, cuộc cách mạng xanh: con đường phía trước, Nat. Rev Genet. 2 815e (2001)822.[2] S.P. Long, D.R. Ort, hơn tham gia nhiệt: cây trồng và biến đổi toàn cầu, Curr.Đến. Trồng Biol 13 (2010) 241e248.[3] E. Ruelland, A. Zachowski, làm thế nào nhà máy cảm nhận nhiệt độ, Environ. EXP. Bot.69 225e232 (2010).[4] R. Mittler, A. Finka, P. Goloubinoff, làm thế nào để nhà máy cảm thấy nhiệt? Xu hướng Bio-chem Sci. 37 (2012) 118e125.[5] S. bành, J. Huang, J.E. Sheehy, RC Laza, RM Visperas, X. Zhong, G.S. Centeno,G.S. Khush, K.G. Cassman, gạo sản lượng suy giảm với cao đêm nhiệt độ từ sự nóng lên toàn cầu, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 101 (2004) 9971e9975.

Kết quả (Việt) 2:

4.6. Điều tra biểu mẫu Các CEL bổ sung fi les của GSE6901, GSE6893 [49], GSE14275 [24], và GSE7951 [50] là fi đầu tiên thu được từ NCBI hiện gen Omnibus (GEO). Các dChip (12/05, 2011) [51] sau đó được sử dụng để nominalize dữ liệu microarray công. Chỉ có các bộ dò hiện tại (Bổ sung 1) được đưa vào yses anal- thêm. Sau khi phân tích cluster, các mô hình biểu hiện của gen entially bày tỏ khác biệt sau khi cách ly điều trị stress nhiệt đã thu được. Trong khi phân tích biểu hiện ở các mô khác nhau và các cơ quan, các Speci fi biện pháp thành phố (SPM) giá trị được sử dụng để khử fi ne các fi c mô hình biểu hiện của một gen đặc hiệu [52]. 4.7. Định lượng thời gian thực phiên mã ngược PCR định lượng ngược thời gian thực transcription PCR (qPCR) đã được thực hiện để con fi rm sự biểu hiện của các gen được sử dụng DNHS stress nhiệt. cDNA được tổng hợp do ngược scription tran- PCR sử dụng các bộ tổng hợp M-MLV sao chép ngược cDNA (Promega). Real-time PCR được thực hiện với iQ 5 (Bio-Rad), và các chương trình fi cation ampli tương tự như được sử dụng bởi Đại et al. [22] với ngoại lệ của nhiệt độ ủ được 62 C. Các mồi cho qPCR được thiết kế bởi Primer tốc 2.0 và đã được tổng hợp bởi Sangon Công nghệ sinh học (Thượng Hải, Trung Quốc). Mọi thông tin tự của các cặp mồi được liệt kê trong Bảng 1. Phân tích qPCR được thực hiện bằng cách sử dụng SYBR Premix Ex Taq II (Takara). Mức độ biểu hiện tương đối của mỗi gen được tính toán bằng cách sử dụng mức độ biểu hiện của ubiquitin tham khảo. Phân tích Kiểm định t được thực hiện để xác định fi cance trọng yếu của mỗi biểu hiện của gen. Lời cảm ơn Công trình này được hỗ trợ bởi National Science Foundation Natural sự của Trung Quốc (31171535; 31101135); Tỉnh Chiết Giang Khoa học và Công nghệ Cục (2012C22039). Các tác giả xin cảm ơn các biên tập viên và các nhận xét ​​vô danh ra những góp ý và giúp đỡ. Phụ lục A. dữ liệu bổ sung dữ liệu bổ sung liên quan đến bài viết này có thể được tìm thấy tại http: // dx.doi.org/10.1016/j.plaphy.2012.08 . 0,011 Tài liệu tham khảo [1] GS Khush, cuộc cách mạng xanh: con đường phía trước, Nat. Rev. Genet. 2 (2001) 815e 822. [2] SP Long, DR Ort, Hơn lấy nhiệt: loại cây trồng và thay đổi toàn cầu, Curr. Opin. Biol Plant. 13 (2010) 241e248. [3] E. Ruelland, A. Zachowski, Làm thế nào thực vật cảm nhận được nhiệt độ, vệ môi trường. Exp. Bot. 69 (2010) 225e232. [4] R. Mittler, A. Finka, P. Goloubinoff, cây trồng là cảm thấy hơi nóng? Xu hướng sinh học chem. Khoa học viễn tưởng. 37 (2012) 118e125. [5] S. Peng, J. Huang, JE Sheehy, RC Laza, RM Visperas, X. Zhong, GS Centeno, GS Khush, KG Cassman, gạo sản lượng suy giảm với nhiệt độ ban đêm cao hơn từ sự nóng lên toàn cầu, Proc. Natl. Acad. Khoa học viễn tưởng. USA 101 (2004) 9971e9975.