FIG 5 Results of best-practice quan

FIG 5 Results of best-practice quantification methods. (A to C) CARD-FISH and FISH quantifications of bacteria (A), archaea (B), and the fraction of archaea relative to the sum of bacteria and archaea (C) in seawater; (C to F) cell densities measured with CARD-FISH with proteinase K for archaeal permeabilization (red) or estimated from relative qPCR measurements and total cell counts (blue) for bacteria (D), archaea (E), and the fraction of archaea relative to the sum of bacteria and archaea (F) in marine sediments. Dotted lines, linear regressions of data of the same color; gray shading, 95% confidence interval. Fit parameters, breakpoints, and statistical parameters are provided in Table S7 in the supplemental material.


the fact that lysozyme cannot hydrolyze the compounds in ar- chaeal cell walls (24) and the fact that the ARCH516 sequence is a poor match to the 16S rRNA gene sequences of most archaea in anoxic sediments (12). Despite the inherent difficulties of quanti- fying cells in sediment, it appears to be possible to reach the accu- racy of CARD-FISH yields of seawater if cells are permeabilized using lysozyme and proteinase K for bacteria and archaea, respec- tively. Although absolute qPCR quantifications are highly vari- able, likely due to the variability introduced during the DNA ex- traction step, this method provides accurate values relative to other qPCR measurements, as long as appropriate primers and probes are employed. We propose that gene copy numbers per volume of sample measured by qPCR should be reported only relative to other qPCR-measured values for samples with similar extraction biases (i.e., the same sample or samples extracted alongside each other with the same methods). We predict that

CARD-FISH measurements made below 1 mbsf using best prac- tices will show that the abundance of bacteria and archaea are similar for the following reasons: archaeal abundance in the deep subsurface (up to 120 mbsf) is supported by qPCR and FISH data, qPCR and CARD-FISH data are in good agreement where bacteria and archaea co-occur, and qPCR and CARD-FISH show that the fraction of archaea increases with depth. These predictions are in line with the conclusions of previous qPCR-based studies (22, 49,
50). Therefore, we propose a solution to the Peru Margin conflict: data from best-practice qPCR and CARD-FISH agree with data from lipid (11) and metagenome (9) analyses that both archaea and bacteria are abundant, alive, and important in shaping the ecology and biogeochemistry of the vast microbial subsurface biome.
When all data collected with best-practice methods are consid- ered, both bacteria and archaea decrease with depth below the

Kết quả (Việt) 1:

HÌNH 5 các kết quả của phương pháp định lượng thực hành tốt nhất. (A đến C) THẺ cá và cá quantifications của vi khuẩn (A), vi khuẩn cổ (B), và các phần của vi khuẩn cổ tương đối so với tổng của vi khuẩn và vi khuẩn cổ (C) trong nước biển; (C đến F) tế bào mật độ đo với thẻ cá với proteinase K cho vi khuẩn cổ permeabilization (màu đỏ) hoặc ước tính từ số đo tương đối qPCR và tất cả di động đếm (màu xanh) cho vi khuẩn (D), vi khuẩn cổ (E), và các phần của vi khuẩn cổ tương đối so với tổng của vi khuẩn và vi khuẩn cổ (F) trong các trầm tích biển. Dòng rải rác, regressions tuyến tính của các dữ liệu của cùng một màu sắc; màu xám bóng, khoảng tin cậy 95%. Phù hợp với các thông số, điểm ngắt, và các thông số thống kê được cung cấp trong bảng S7 trong các vật liệu bổ sung. một thực tế rằng lysozyme không thể hydrolyze các hợp chất trong thành tế bào ar-chaeal (24) và thực tế là chuỗi ARCH516 một người nghèo kết hợp với trình tự gen 16S rRNA hầu hết vi khuẩn cổ trong các trầm tích thiếu ôxy (12). Bất chấp những khó khăn cố hữu của tế bào quanti-fying trong trầm tích, nó dường như là có thể để đạt được các accu-racy của thẻ-cá sản lượng của nước biển nếu các tế bào được permeabilized bằng cách sử dụng lysozyme và proteinase K cho vi khuẩn và vi khuẩn cổ, respec-cách. Mặc dù tuyệt đối qPCR quantifications cao vari-có thể, có thể do sự biến đổi giới thiệu trong DNA ex-kéo bước, phương pháp này cung cấp các giá trị chính xác liên quan đến các phép đo qPCR, chừng nào thích hợp chất nền, mồi và đầu dò được tuyển dụng. Chúng tôi đề xuất rằng gen con số bản sao cho mỗi khối lượng mẫu đo bằng qPCR nên được báo cáo chỉ tương đối so với các giá trị đo qPCR cho mẫu với tương tự như khai thác biases (tức là, cùng một mẫu hoặc mẫu chiết xuất bên cạnh nhau với các phương pháp tương tự). Chúng tôi dự đoán rằng THẺ cá đo đạc được thực hiện dưới 1 mbsf sử dụng prac-tices tốt nhất sẽ hiển thị rằng sự phong phú của vi khuẩn và vi khuẩn cổ được tương tự cho những lý do sau: vi khuẩn cổ rất nhiều trong sâu bên dưới bề mặt (lên đến 120 mbsf) được hỗ trợ bởi qPCR và dữ liệu cá, qPCR và dữ liệu thẻ cá đang trong thỏa thuận tốt nơi vi khuẩn và vi khuẩn cổ đồng xảy ra, và qPCR và thẻ cá Hiển thị phần của vi khuẩn cổ tăng theo độ sâu. Những dự đoán là phù hợp với kết luận của qPCR dựa trên nghiên cứu trước đây (22, 49,50). vì vậy, chúng tôi đề xuất một giải pháp cho cuộc xung đột Peru Margin: dữ liệu từ thực hành tốt nhất qPCR và thẻ cá đồng ý với các dữ liệu từ lipid (11) và metagenome (9) phân tích vi khuẩn cổ và vi khuẩn được phong phú, còn sống, và quan trọng trong việc định hình sinh thái và biogeochemistry của lớn vi khuẩn dưới bề mặt quần xã sinh vật.Khi tất cả dữ liệu được thu thập với phương pháp thực hành tốt nhất là consid-ered, vi khuẩn và vi khuẩn cổ giảm với độ sâu dưới đây các

Kết quả (Việt) 2:

FIG 5 kết quả của phương pháp định lượng thực hành tốt nhất. (A đến C) CARD-FISH và FISH quantifications của vi khuẩn (A), vi khuẩn cổ (B), và phần của vi khuẩn cổ liên quan đến số tiền của các vi khuẩn và vi khuẩn cổ (C) trong nước biển; (C để F) Mật độ tế bào đo với CARD-FISH với proteinase K cho permeabilization archaea (màu đỏ) hoặc ước tính từ các phép đo tương đối qPCR và tổng số lượng tế bào (màu xanh) cho vi khuẩn (D), vi khuẩn cổ (E), và phần của vi khuẩn cổ so với tổng của vi khuẩn và vi khuẩn cổ (F) trong trầm tích biển. Các đường chấm, hồi quy tuyến tính của dữ liệu của cùng một màu sắc; shading màu xám, khoảng tin cậy 95%. Các thông số phù hợp, các điểm dừng, và các thông số thống kê được cung cấp trong bảng S7 trong vật liệu bổ sung. thực tế là lysozyme không thể thủy phân các hợp chất trong thành tế bào chaeal ar- (24) và thực tế là các chuỗi ARCH516 là một trận đấu nghèo đến 16S rRNA trình tự gen của vi khuẩn cổ nhất trong các trầm tích thiếu ôxy (12). Bất chấp những khó khăn cố hữu của các tế bào fying quanti- trong bùn đất, nó dường như là có thể đạt được những đặc sắc accu- sản lượng CARD-FISH của nước biển nếu các tế bào được sử dụng permeabilized lysozyme và proteinase K cho vi khuẩn và vi khuẩn cổ, tương ứng. Mặc dù quantifications qPCR tuyệt đối là cao Biến, có thể do sự thay đổi được giới thiệu trong Thí DNA bước kéo, phương pháp này cung cấp các giá trị chính xác liên quan đến đo qPCR khác, miễn mồi và đầu dò thích hợp được tuyển dụng. Chúng tôi đề nghị rằng số bản sao gen cho mỗi khối lượng của mẫu đo bằng qPCR phải được báo cáo tương đối với giá trị qPCR-đo khác cho mẫu với những thành kiến tương tự như khai thác (ví dụ, cùng một mẫu hoặc mẫu chiết xuất bên cạnh nhau với cùng một phương pháp). Chúng tôi dự đoán rằng các phép đo CARD-FISH thực hiện dưới đây 1 mbsf sử dụng tices tiễn tốt nhất sẽ cho thấy sự phong phú của các loại vi khuẩn và vi khuẩn cổ là tương tự với các lý do sau đây: sự phong phú archaeal ở dưới bề mặt sâu (lên đến 120 mbsf) được hỗ trợ bởi qPCR và FISH dữ liệu, và qPCR CARD-FISH dữ liệu đang ở tốt thỏa thuận mà vi khuẩn và vi khuẩn cổ đồng xảy ra, và qPCR và CARD-FISH cho thấy các phần nhỏ của vi khuẩn cổ tăng theo chiều sâu. Những dự đoán này phù hợp với kết luận của nghiên cứu dựa trên qPCR trước (22, 49, 50). Vì vậy, chúng tôi đề xuất một giải pháp cho cuộc xung đột Peru Margin: dữ liệu từ thực hành tốt nhất và qPCR CARD-FISH đồng ý với các dữ liệu từ lipid (11) và metagenome (9) phân tích mà cả vi khuẩn cổ và vi khuẩn phong phú, sống động, và quan trọng trong việc định hình các hệ sinh thái và biogeochemistry của lớp dưới bề mặt của vi sinh vật quần xã sinh vật khổng lồ. Khi tất cả các dữ liệu thu thập được với các phương pháp thực hành tốt nhất là xem xét việc này, cả vi khuẩn và vi khuẩn cổ giảm theo độ sâu dưới