We applied a comparative genome ass

We applied a comparative genome assembly method, which combines de novo assembly and reference guided assembly, to one of the B. subtilis natto strains. We successfully assembled 28 scaffolds and managed to avoid substantial fragmentation. Completion of the assembly through long PCR experiments resulted in one connected scaffold for B. subtilis natto. Based on the assembled genome sequence, our orthologous gene analysis between natto BEST195 and Marburg 168 revealed that 82.4% of 4375 predicted genes in BEST195 are one-to-one orthologous to genes in 168, with two genes in-paralog, 3.2% are deleted in 168, 14.3% are inserted in BEST195, and 5.9% of genes present in 168 are deleted in BEST195. The natto genome contains the same alleles in the promoter region of degQ and the coding region of swrAA as the wild strain, RO-FF-1.

These are specific for γ-PGA production ability, which is related to natto production. Further, the B. subtilis natto strain completely lacked a polyketide synthesis operon, disrupted the plipastatin production operon, and possesses previously unidentified transposases.

Kết quả (Việt) 1:

Chúng tôi áp dụng một phương pháp lắp ráp gen so sánh, kết hợp de novo lắp ráp và tham khảo hướng dẫn lắp ráp, một B. subtilis natto chủng. Chúng tôi thành công lắp ráp 28 Giăng và quản lý để tránh phân mảnh đáng kể. Hoàn thành lắp ráp thông qua thí nghiệm PCR dài dẫn đến một kết nối đài cho B. subtilis natto. Dựa trên trình tự gen lắp ráp, chúng tôi phân tích gene orthologous giữa natto BEST195 và Marburg 168 tiết lộ rằng 82.4% số 4375 gen dự đoán trong BEST195 là một trong-một orthologous đến gen trong 168, với hai gene trong-paralog, 3,2% sẽ bị xóa trong 168, 14,3% được chèn vào trong BEST195, và 5,9% gen hiện diện trong 168 sẽ bị xóa trong BEST195. Natto gen chứa alen tương tự ở khu vực promoter của degQ, vùng swrAA, mã hóa như các chủng hoang dã, RO-FF-1.Đây là cụ thể cho khả năng sản xuất γ-PGA, đó là liên quan đến sản xuất natto. Hơn nữa, B. subtilis natto căng hoàn toàn thiếu một operon tổng hợp polyketide, gián đoạn operon sản xuất plipastatin và sở hữu trước đó xác transposases.

Kết quả (Việt) 2:

Chúng tôi đã áp dụng một phương pháp lắp ráp bộ gen so sánh, kết hợp de novo lắp ráp và lắp ráp tham khảo hướng dẫn, với một trong những chủng subtilis natto B.. Chúng tôi lắp ráp thành công 28 giàn giáo và quản lý để tránh sự phân mảnh đáng kể. Hoàn thành lắp ráp thông qua các thí nghiệm PCR dài dẫn đến một đài kết nối cho B. natto subtilis. Dựa trên trình tự bộ gen lắp ráp, phân tích gen orthologous của chúng tôi giữa BEST195 Natto và Marburg 168 tiết lộ rằng 82,4% của 4375 dự đoán gen trong BEST195 được một-một orthologous gien ở 168, với hai gen trong paralog, 3,2% được xóa ở 168, 14,3% được lắp vào BEST195, và 5,9% gen có mặt ở 168 được xóa trong BEST195. Bộ gen Natto có chứa các alen tương tự trong vùng promoter của degQ và vùng mã hóa của swrAA như chủng hoang dã, RO-FF-1. Đây là cụ thể cho khả năng sản xuất γ-PGA, mà là liên quan đến sản xuất Natto. Hơn nữa, B. subtilis natto căng hoàn toàn thiếu một operon tổng hợp polyketide, phá vỡ các operon sản xuất plipastatin, và sở hữu trước đây transposases không xác định.