Nucleotide sequencing of rRNA genes

Nucleotide sequencing of rRNA genes of some Penicillium species was done with the help of SolGent Company, Daejeon,South Korea. Primers used for gene amplification have the following composition: ITS1 (5 0-TCC GTA GGT GAA CCTGCG G-3 0), and ITS4 (5 0-TCC TCC GCT TAT TGA TAT
GC-3 0). Then the amplification was carried out in a thermal cycler under the following conditions: one round of denaturation at 95 C for 15 s followed by 30 cycles of denaturation at 95 C for 20 s, annealing at 50 C for 40 s and extension at 72 C for 1 min, with a final extension step at 72 C for 5 min. The PCR products were then purified with the SolGent PCR Purification Kit-Ultra (SolGent, Daejeon, South Korea) prior to sequencing. Purified PCR products were reconfirmed (using size marker) by electrophoreses on 1% agarose gel. Then these bands were eluted and sequenced with the incorporation of dideoxynucleotides (dd NTPs) in the reaction mixture. Each sample was sequenced in the sense and antisense directions using ITS1 and ITS4 primers (White et al., 1990). Sequences were further analyzed using BLAST from the National Center of Biotechnology Information (NCBI)
website. Phylogenetic analysis of sequences was done with the help of MegAlign (DNA Star) software version 5.05.

Kết quả (Việt) 1:

Trình tự nucleotide rRNA gen của một số loài Penicillium đã được thực hiện với sự giúp đỡ của công ty SolGent, Daejeon, Hàn Quốc. Chất nền, mồi được sử dụng để khuếch đại gen có các thành phần sau: ITS1 (5 0-TCC GTA GGT GAA CCTGCG G-3 0), và ITS4 (5 0-TCC TCC GCT TAT TGA TATGC-3 0). Sau đó khuếch đại được thực hiện trong một người đạp xe máy nhiệt theo các điều kiện sau đây: một vòng denaturation tại 95 C cho 15 s theo chu kỳ 30 denaturation tại 95 C 20 s, ủ tại 50 C cho 40 s và phần mở rộng tại 72 C cho 1 min, với một bước cuối cùng mở rộng tại 72 C trong 5 phút. Các sản phẩm PCR sau đó đã được tinh khiết với SolGent PCR làm sạch Kit-Ultra (SolGent, Daejeon, Hàn Quốc) trước khi trình tự. Tinh khiết sản phẩm PCR được reconfirmed (sử dụng kích thước marker) bởi electrophoreses trên gel agarose 1%. Sau đó các ban nhạc đã được eluted và trình tự với sự kết hợp của dideoxynucleotides (ngày NTPs) trong hỗn hợp phản ứng. Mỗi mẫu được trình tự trong cảm giác và antisense các hướng dẫn sử dụng ITS1 và ITS4 chất nền, mồi (trắng và ctv., năm 1990). Chuỗi được tiếp tục phân tích bằng cách sử dụng vụ nổ từ các quốc gia Trung tâm công nghệ sinh học thông tin (NCBI)Trang web. Phát sinh loài phân tích các trình tự đã được thực hiện với sự giúp đỡ của MegAlign (ADN Star) phần mềm phiên bản 5,05.