The vast majority of reads from soi

The vast majority of reads from soil samples were identified by ITSx as containing a eukaryotic ITS2 full or partial sequence; of these, 96.6% were attributed to the kingdom Fungi (Table S5 in the supplemental material). However, when we attempted to identify all OTUs by BLAST searches, the only nonfungal lineages recovered were Rhodophyta, Stramenopiles, and Viridiplantae, which comprised only 0.32% of the reads (Table 2). Hence, either ITSx misattributed fungal sequences to other lineages, such as the Metazoa, Amoebozoa, and Rhizaria, or these nonfungal reads were singletons and were eliminated at the clustering step. Viridiplantae dominated the nonfungal ribosomal OTUs, with many perfect matches to taxa found at these sites, including Chamerion angustifolium, Mertensia sibirica, Vaccinium vitis-idaea, Betula pendula, Rhododendron tomentosum, Alnus viridis, and Calamagrostis canadensis (see Data Set S1 in the supplemental material).

Because we compared only the results from clone library Sanger sequencing of the ITS1-F/TW13 ITS-LSU amplicon with Illumina sequencing of the 5.8S-Fun/ITS4-Fun amplicon for five soil samples, ordination was not informative for a comparison of patterns of community composition. Cluster analysis was deemed more useful and resulted in identical clustering of samples (see Fig. S4 in the supplemental material). In both cases, the organic and mineral horizon samples from the same site clustered together, and the upland sites formed a group distinct from the lowland black spruce sample. These results mirror those seen in a larger study that included the same samples (53). In a more rigorous comparison, a Mantel test yielded a strong statistically significant correlation between the Illumina and Sanger data sets (standardized Mantel statistic, r = 0.92, P = 0.008). The Mantel statistic ranges from −1 for completely opposed patterns of intersample distances to +1 for identical patterns of intersample distances.

Searches for representative sequences from the two data sets that clustered together at ≥97% revealed considerable overlap in the dominant taxa recovered. Among the 20 most abundant taxa recovered from clone library Sanger sequencing, all were identified within the top 51 OTUs in the much larger MiSeq data set, with one exception: an Archaeorhizomyces OTU with rank 11 in the Sanger data set was also present in the MiSeq data set but with rank 221. This difference may be due to primer bias. Four bases at the 5′ end of ITS4-Fun do not match available Archaeorhizomyces sequences. However, the 19 consecutive 3′ bases of ITS4-Fun are a perfect match

Kết quả (Việt) 1:

Đại đa số các lần đọc từ các mẫu đất đã được xác định bởi ITSx chứa một sinh vật nhân chuẩn ITS2 đầy đủ hoặc một phần Chuỗi; trong số này, 96,6% đã được quy cho Vương Quốc nấm (bảng S5 trong các tài liệu bổ sung). Tuy nhiên, khi chúng tôi cố gắng để xác định tất cả OTUs bằng tìm kiếm vụ NỔ, các dòng dõi nonfungal chỉ thu hồi là Rhodophyta, Stramenopiles và Viridiplantae, chỉ chiếm 0,32% lần đọc (bảng 2). Do đó, ITSx misattributed nấm chuỗi để dòng dõi khác, chẳng hạn như Metazoa, Amoebozoa và Rhizaria, hoặc những lần đọc nonfungal đã tập và bị loại tại bước kết cụm. Viridiplantae chi phối ribosome OTUs nonfungal, với rất nhiều trận đấu hoàn hảo để đơn vị phân loại được tìm thấy tại các trang web, bao gồm Chamerion angustifolium, Mertensia sibirica, Vaccinium vitis-idaea, Betula pendula, Rhododendron tomentosum, Alnus viridis Calamagrostis canadensis (xem tập dữ liệu S1 trong các tài liệu bổ sung).Bởi vì chúng ta so sánh chỉ là kết quả từ bản sao thư viện Sanger xác định trình tự của amplicon ITS1-F/TW13 ITS-LSU với Illumina trình tự của 5.8S-ITS4-niềm vui vui vẻ amplicon cho 5 mẫu đất, phối đã không được thông tin để so sánh các mô hình của các thành phần cộng đồng. Phân tích cụm đã được coi là hữu ích hơn và kết quả trong cụm giống hệt mẫu (xem hình. S4 trong các tài liệu bổ sung). Trong cả hai trường hợp, các mẫu chân trời hữu cơ và khoáng chất từ các trang web cùng một nhóm với nhau, và các trang web upland thành lập một nhóm riêng biệt từ các mẫu đất thấp black spruce. Những kết quả này phản ánh những người nhìn thấy trong một nghiên cứu lớn hơn bao gồm các mẫu tương tự (53). Trong một so sánh chặt chẽ hơn, một thử nghiệm Mantel mang lại một sự tương quan mạnh mẽ ý nghĩa thống kê giữa Illumina và Sanger bộ dữ liệu (Mantel chuẩn hóa số liệu thống kê, r = 0,92, P = 0.008). Mantel dãy số liệu thống kê từ −1 cho hoàn toàn phản đối mô hình của các khoảng cách intersample để các + 1 cho các mô hình giống hệt nhau của intersample khoảng cách.Tìm kiếm đại diện chuỗi từ hai bộ dữ liệu tập trung lại với nhau ở ≥97% tiết lộ chồng chéo lên nhau đáng kể trong các đơn vị phân loại thống trị phục hồi. Trong số các đơn vị phân loại phổ biến nhất 20 hồi phục từ bản sao thư viện Sanger xác định trình tự, tất cả đã được xác định trong top 51 OTUs trong nhiều lớn hơn MiSeq dữ liệu thiết lập, với một ngoại lệ: một OTU Archaeorhizomyces xếp hạng 11 trong Sanger dữ liệu thiết lập cũng đã được trình bày trong MiSeq dữ liệu thiết lập, nhưng với xếp hạng 221. Sự khác biệt này có thể là do thiên vị mồi. Bốn căn cứ tại kết thúc 5 ' ITS4-niềm vui không khớp có sẵn Archaeorhizomyces trình tự. Tuy nhiên, các căn cứ liên tiếp 3 ' 19 ITS4, vui chơi là một kết hợp hoàn hảo

Kết quả (Việt) 3:

Hầu hết là đất đã tiến hành từ mẫu chứa rất itsx gen hạt nhân toàn bộ hoặc phần Sequence; trong đó, 96.6% là do nấm (trong vật liệu bổ sung bảng S5).Tuy nhiên, khi chúng ta cố gắng tìm ra tất cả OTUs qua BLAST tìm kiếm duy nhất mà không phải là phả hệ của nấm, tảo đỏ, phục hồi là Stramenopiles, giới hạn, trong đó bao gồm các thông số (chỉ có 0.32% bảng 2).Vì vậy, dù là itsx trương quan lý đái nấm sequences hệ khác, như, Amoebozoa, và tròn, hoặc những bước đầu đọc là người độc thân và ở bước loại bỏ.Giới thống trị dân nấm ribosome OTU, nhiều quần xã hoàn toàn phù hợp được tìm thấy ở những trang web, bao gồm Chamerion angustifolia sibirica, Mertensia Vaccinium Betula pendula,,,,,, Alnus Rhododendron viridis Erigeron nhỏ (xem bộ sưu tập dữ liệu trong vật liệu bổ trợ S1).Bởi vì chúng ta chỉ so sánh kết quả từ bản văn khố của ITS1-F / tw13 its-lsu khuếch đại và Illumina sequencing khuếch đại của con 5.8s-fun/its4-fun 5 mẫu đất sắp xếp, sắp xếp cho chế độ Cộng đồng được thành lập hơn là không có thông tin.Phân nhóm dữ liệu được coi là hữu dụng, dẫn đến ở cùng (trong mẫu vật liệu bổ sung S4).Ở đây có hai trường hợp, hữu cơ và khoáng sản từ đường chân trời mẫu với một website tập hợp với nhau, tạo thành một nhóm với cao điểm website khác lowland Picea mẫu da đen.Những kết quả này được thể hiện trong một nghiên cứu lớn hơn, bao gồm các mẫu giống nhau (53).Trong khó khăn hơn so sánh, một cái lò sưởi chiếc thử nghiệm có Illumina và Sanger tập hợp dữ liệu tương quan mạnh mẽ giữa (r = 0.92 Mantel chuẩn thống kê, P = 0.008).Mantel phạm vi thống kê từ − 1 hoàn toàn chống lại chế độ lấy mẫu khoảng + 1 khoảng cách lấy mẫu của cùng một khuôn mẫu.Từ hai bộ dữ liệu, tập trung ở 97% là một chuỗi tìm kiếm phát hiện chồng chéo khá lớn, lợi thế taxa được phục hồi.Trong thư viện nhân bản Sanger sequencing phục hồi 20 người giàu nhất taxa, tất cả được chắc chắn trước 51 người OTUs đang lớn Miseq tập hợp dữ liệu, nhưng có một ngoại lệ: một bộ dữ liệu cấp 11 archaeorhizomyces OTU cũng ở MiSeq tập hợp dữ liệu, nhưng với thứ hạng 221.Sự khác biệt này có thể là do những đoạn mồi thành kiến.Trong 5 'ITS4 vui kết thúc 4 cơ sở không phù hợp để archaeorhizomyces sequence.Tuy nhiên, thú vị hơn 19 liên tục 3 'Căn cứ tiến hành một cuộc thi hoàn hảo.