b) Typing and subtyping for disease

b) Typing and subtyping for disease and source tracking The value of characterising the genetic diversity of Cryptosporidium at different levels of specificity and the importance of appropriate nucleic acid analysis cannot be over-emphasised. Molecular tools for inter- and intra-species discrimination differ (4) and the publication of complete genomic sequences of C. parvum (1) and C. hominis (49) has assisted in developing appropriate typing and subtyping tools (4). Genetic markers differ in their information content and the nature of the DNA fragment selected for detecting and characterising cryptosporidium and Giardia should be considered carefully (see Table 4 below). In order to detect species, analysis of highly or moderately conserved coding regions (e.g. 18S ribosomal DNA, structural and house-keeping genes) is necessary, whereas investigations into the transmission of genotypes and subtypes, identifying sources of infection and risk factors, requires more discriminatory fingerprinting techniques, which can identify individual isolates or clonal lineages (4, 35).
Typing and subtyping systems used for veterinary (and human) samples should also be used for environmental samples, particularly for source and disease tracking in order to avoid any confusion arising from using different systems for human, non-human hosts and environmental samples for veterinary and public health investigation of disease outbreaks (4, 35). Species determination should be based on the analysis of at least two loci since this provides more robust information. At least one locus should be 18S rRNA, and, where possible, another should be suitable for both species identification and further subtyping analysis. For Cryptosporidium, mini- and micro-satellite typing, GP60 sequencing and analysis of a double stranded RNA element have been used to subtype C. parvum and C. hominis, and may offer sufficient subspecies discrimination to address veterinary and public health investigations, either separately or in combination (reviewed in references 4 and 35). Further development of these subtyping systems is required e.g. gp60 sequencing shows variability within C. parvum populations but not C. hominis. The goal would be to find common isolate identifiers. There is also evidence that mixed species infections occur in both the human and animal populations. It is therefore important that species and subtyping systems be capable of identifying mixed infections to give accurate diagnosis and information. Recent work has confirmed the utility of mini- and micro-satellite markers in the study of the population structure of Cryptosporidium, and in understanding transmission dynamics of infection (reviewed in references 4, 8 and 35). The most commonly used PCR assays for detecting and typing Cryptosporidium are listed in Table 7.

Kết quả (Việt) 1:

b) gõ và subtyping cho bệnh và nguồn theo dõi giá trị của characterising sự đa dạng di truyền của Cryptosporidium ở các cấp độ khác nhau của các đặc trưng và tầm quan trọng của phân tích axít nucleic phù hợp không thể được over-nhấn mạnh. Các công cụ phân tử cho inter-intra-loài và phân biệt đối xử khác nhau (4) và các ấn phẩm đầy đủ trình tự gen của C. parvum (1) và C. hominis (49) đã hỗ trợ trong việc phát triển thích hợp gõ và subtyping công cụ (4). Dấu hiệu di truyền khác nhau trong nội dung thông tin của họ và bản chất của các đoạn DNA được lựa chọn để phát và characterising cryptosporidium và Giardia cần được xem xét cẩn thận (xem bảng 4 dưới đây). Để phát hiện loài, phân tích của các vùng mã hóa cao hoặc vừa bảo tồn (ví dụ: 18S ribosome DNA, gen cấu trúc và gìn giữ ngôi nhà) là cần thiết, trong khi nghiên cứu việc truyền của kiểu gen và phân nhóm, xác định các nguồn lây nhiễm và các yếu tố rủi ro, đòi hỏi nhiều kỹ thuật fingerprinting phân biệt đối xử, mà có thể xác định cá nhân chủng hoặc dòng dõi clonal (4, 35). Gõ và subtyping hệ thống được sử dụng cho các mẫu thuốc thú y (và con người) cũng nên được sử dụng cho các mẫu về môi trường, đặc biệt là cho các mã nguồn và theo dõi bệnh để tránh nhầm lẫn bất kỳ phát sinh từ việc sử dụng các hệ thống khác nhau cho các máy chủ của con người, không phải con người và môi trường mẫu điều tra thuốc thú y và sức khỏe công cộng của dịch bệnh (4, 35). Xác định loài phải dựa trên phân tích của ít nhất hai loci vì điều này cung cấp thông tin mạnh mẽ hơn. Ít nhất một locus nên 18S rRNA và nếu có thể, một nên phù hợp để xác định loài và hơn nữa subtyping phân tích. Cryptosporidium, mini, micro satellite gõ, GP60 trình tự và phân tích của một RNA đang bị kẹt lại đôi nguyên tố đã sử dụng để phiên bản C. parvum và C. hominis, và có thể cung cấp đầy đủ phân biệt đối xử phân loài thú y địa chỉ và nghiên cứu y tế công cộng, hoặc một cách riêng biệt hoặc kết hợp (xem xét trong tài liệu tham khảo 4 và 35). Các phát triển thêm các subtyping hệ thống được yêu cầu ví dụ như trình tự gp60 cho thấy sự biến đổi trong C. parvum quần thể nhưng không C. hominis. Mục tiêu sẽ là để tìm thấy mã định danh isolate phổ biến. Đó cũng là bằng chứng cho thấy hỗn hợp loài nhiễm trùng xảy ra trong các quần thể con người và động vật. Do đó là quan trọng rằng loài và subtyping hệ thống có khả năng xác định các bệnh nhiễm trùng hỗn hợp để cung cấp cho chẩn đoán chính xác và thông tin. Công việc gần đây đã xác nhận các tiện ích của các dấu hiệu vệ tinh mini và micro trong nghiên cứu cấu trúc dân số của Cryptosporidium, và trong sự hiểu biết truyền động lực học nhiễm trùng (xem xét trong tài liệu tham khảo 4, 8 và 35). Thử nghiệm PCR phổ biến nhất được sử dụng để phát hiện và gõ Cryptosporidium được liệt kê ở bảng 7.