2.2. Characterisation of community

2.2. Characterisation of community composition

The relative abundance of bacterial communities as obtained in the

three tissues evaluated is shown in Fig. 1. Of the three tissues analysed,

Proteobacteria sub-phylum is predominant followed by Firmicutes,

Actinobacteria and Bacteroidetes. It was noted that the stem tissue has

more of the genus—Pseudomonas and unclassified Pseudomonadaceae

than the root and leaf tissues. On the contrary, leaf tissues have more

of genus—Propionibacterium, Serratia and Brevibacterium than the root

and stem tissues (refer supplementary Tables S2 and S3). In all, the

root tissues have the highest richness of the four bacteria groupings.

Computational analyses of the α-diversity estimated the richness

and diversity of the three samples at OTU cutoffs of 1 distance units

(by using the number of observed OTUs). Chao1 estimated minimum

number of OTUs, and inverse Simpson diversity index indicates the rich-
ness of the communities (refer supplementary Fig. S4). Chao1 curves

continue to climb with sampling; however, the inverse Simpson diver-
sity indices are relatively stable. The summary table of the diversity

gave us the insight to the sampling coverage of the communities

which is well above 99%. Also, there are significant differences of theobserved OTUs and diversity or richness of the communities (Table 4) in

the tissues as computed by mothur pipeline.

Kết quả (Việt) 1:

2.2. characterisation thành phần cộng đồngSự phong phú tương đối của các cộng đồng vi khuẩn như thu được trong cácba mô đánh giá thể hiện trong hình 1. Ba mô phân tích,Sơ tiểu ngành là chủ yếu theo Firmicutes,Actinobacteria và Bacteroidetes. Nó đã được ghi nhận rằng các tế bào stem cóthêm thuộc chi — Pseudomonas và Pseudomonadaceae không phân loạiso với các mô rễ và lá. Ngược lại, lá mô có nhiều hơn nữachi — Propionibacterium, Serratia và Brevibacterium hơn gốcvà ngăn chặn các mô (tham khảo bổ sung bảng S2 và S3). Trong tất cả, cácgốc mô có phong phú cao nhất của nhóm bốn vi khuẩn.Ước tính các phân tích tính toán α-sự đa dạng phong phúvà sự đa dạng của các mẫu ba tại OTU cutoffs khoảng cách 1 đơn vị(bằng cách sử dụng số lượng quan sát OTUs). Chao1 ước tính tối thiểusố OTUs, và nghịch đảo Simpson đa dạng chỉ số cho biết phong phú-Ness của cộng đồng (tham khảo hình bổ sung. S4). Đường cong Chao1tiếp tục lên cao với mẫu; Tuy nhiên, nghịch đảo Simpson diver -sity chỉ là tương đối ổn định. Bảng tóm tắt của sự đa dạngđã cho chúng tôi cái nhìn sâu sắc phạm vi bảo hiểm mẫu của các cộng đồngđó là cao hơn 99%. Ngoài ra, không có sự khác biệt đáng kể của theobserved OTUs và đa dạng hoặc sự phong phú của các cộng đồng (bảng 4) trongCác mô như tính bằng đường ống mothur.