crRNA target sequences were designe

crRNA target sequences were designed manually or using the crispr.mit.edu website (Zhang lab, MIT) by entry of the first 250 nucleotides downstream of the start codon for the selected genes. CRISPR gRNA sequences were selected by highest score for specificity and the least off-targets within the human genome, as provided by the online CRISPR design tool. For each virus gene target, multiple independent CRISPR gRNAs were selected and cloned into the pSicoR-CRISPR-PuroR vector and verified by sequencing. gRNA target sequences used in this study are presented as supporting information (S1 Table). For the HSV-1 latency studies, gRNAs were introduced in a variant of the pSicoR-CRISPR-PuroR vector in which the Cas9 gene was removed. In these studies, Cas9 is expressed from the pSicoR-CRISPR-ZeoR vector. This vector is identical to pSicoR-CRISPR-PuroR vector, although PuroR was replaced by ZeoR and the U6-gRNA cassette was removed.

Kết quả (Việt) 1:

mục tiêu crRNA chuỗi được thiết kế theo cách thủ công hoặc bằng cách sử dụng trang web crispr.mit.edu (trương phòng thí nghiệm, MIT) của mục nhập của các nucleotide 250 lần đầu tiên ở hạ lưu của codon bắt đầu cho các gen đã chọn. CRISPR gRNA trình tự đã được lựa chọn bởi điểm số cao nhất cho các đặc trưng và ít nhất off-mục tiêu trong bộ gen của con người, được cung cấp bởi công cụ CRISPR thiết kế trực tuyến. Cho mỗi mục tiêu gene virus, nhiều độc lập CRISPR gRNAs đã được lựa chọn và nhân bản thành vector pSicoR-CRISPR-PuroR và xác minh bởi trình tự. gRNA mục tiêu trình tự được sử dụng trong nghiên cứu này được trình bày như hỗ trợ thông tin (S1 bảng). Nghiên cứu độ trễ HSV-1, gRNAs đã được giới thiệu trong một biến thể của pSicoR-CRISPR-PuroR vector Cas9 gen đã được gỡ bỏ. Trong các nghiên cứu, Cas9 được thể hiện từ vector pSicoR-CRISPR-ZeoR. Vector này là giống hệt nhau để pSicoR-CRISPR-PuroR vector, mặc dù PuroR bị thay thế bởi ZeoR và cassette U6-gRNA đã được gỡ bỏ.

Kết quả (Việt) 2:

trình tự mục tiêu crRNA được thiết kế bằng tay hoặc bằng cách sử dụng trang web crispr.mit.edu (Zhang phòng thí nghiệm, MIT) khi xâm nhập của 250 nucleotide đầu tiên hạ lưu của codon khởi đầu cho các gen chọn lọc. trình tự CRISPR gRNA đã được lựa chọn bởi số điểm cao nhất cho đặc và ít nhất off-mục tiêu trong hệ gen của con người, như được cung cấp bởi các công cụ thiết kế CRISPR trực tuyến. Đối với mỗi mục tiêu gen virus, nhiều gRNAs CRISPR độc lập được chọn lọc và nhân bản vô tính thành các vector pSicoR-CRISPR-PuroR và xác nhận qua giải trình tự. trình tự gRNA mục tiêu được sử dụng trong nghiên cứu này được trình bày như là thông tin hỗ trợ (S1 Bảng). Đối với HSV-1 nghiên cứu độ trễ, gRNAs đã được giới thiệu trong một biến thể của vector pSicoR-CRISPR-PuroR trong đó gen Cas9 đã được gỡ bỏ. Trong những nghiên cứu này, Cas9 được thể hiện từ các vector pSicoR-CRISPR-ZeoR. vector này giống hệt với vector pSicoR-CRISPR-PuroR, mặc dù PuroR đã được thay thế bởi ZeoR và cassette U6-gRNA đã được gỡ bỏ.