these fragments can be separated in

these fragments can be separated in a denaturing
gradient gel based on their differential denaturation
(melting) profile. The theoretical aspects of this separation
were firstly described by Fisher and Lerman
(1983). In an acrylamide gel, the denaturing conditions
are provided by urea and formamide. A solution of
100% chemical denaturant consists of 7 M urea and
40% formamide in water. Low and high denaturing
solutions are prepared, mixed with the acrylamide
solution, and poured in a gel casting by using a gradient
former in order to generate a linear denaturing gradient.
Moreover, the electrophoresis is carried out at a constant
temperature between 55 and 65 jC, mostly 60 jC.
In a DGGE gel, double-strand DNA fragments are
subjected to an increasing denaturing environment as
they encounter increasing concentrations of the denaturing
agents and partially melt in discrete regions
called ‘‘melting domains.’’ The melting temperature
(Tm) of these domains is sequence-specific. Once the
Tm of the lowest melting domain is reached, that part of
the fragment becomes partially melted, creating
branched ‘‘breaking’’ molecules. This behaviour
reduces the DNA mobility in the acrylamide gel.
Therefore, DNA fragments of the same size but different
base pair compositions will show a different response
to the denaturing gradient. The different
sequences of the DNA fragments will have melting
domains with different Tm values that will run different
distances in the DGGE gel. Briefly, DNA fragments of
the same length but different sequences will be separated
in DGGE.
DGGE can be performed in either perpendicular or
parallel denaturing gradient gels. In perpendicular
gradient gels, the denaturing gradient is perpendicular
to the direction of the electrophoresis and the gradient
range is usually broad such as 0–100% or 20–100%;
they are commonly used to detect the melting behaviour
of DNA fragments and to experimentally determine
the optimal denaturing range to use in parallel
electrophoresis experiments. In perpendicular gradient
gels, only one sample can be loaded or a mixture
of amplicons for which the melting behaviour is to
be studied. In parallel DGGE, the denaturing gradient
is parallel to the electric field and the range of
denaturants is narrowed, allowing a better separation
(Myers et al., 1987). The parallel gels are the most
commonly employed as they allow multiple samples
to be loaded on the same gel. The optimal time of

Kết quả (Việt) 1:

các mảnh vỡ có thể được tách ra thành một biến tínhgradient gel dựa trên của denaturation vi saiHồ sơ (nóng chảy). Lý thuyết các khía cạnh của ly thân nàythứ nhất được mô tả bởi Fisher và Lerman(1983). trong một gel acrylamide, các điều kiện denaturingđược cung cấp bởi urê và formamide. Dung dịch100% chất hóa học denaturant bao gồm 7 M urê và40% formamide trong nước. Thấp và cao biến tínhgiải pháp được chuẩn bị, trộn lẫn với acrylamidegiải pháp, và đổ vào một gel đúc bằng cách sử dụng một gradientcũ để tạo ra một gradient denaturing tuyến tính.Hơn nữa, điện được thực hiện tại một hằng sốnhiệt độ giữa 55 và 65 jC, chủ yếu là 60 jC.Trong một gel DGGE, đôi sợi DNA mảnh vỡphải chịu một môi trường denaturing ngày càng tăng nhưhọ gặp phải các nồng độ ngày càng tăng của các biến tínhĐại lý và một phần làm tan chảy trong khu vực rời rạcgọi là '' tên miền có chảy ''. Nhiệt độ nóng chảy(Tm) của những tên miền là trình tự cụ thể. Một khi cácTM của vùng nóng chảy thấp nhất được đạt tới, đó là một phần củađoạn một phần trở thành tan chảy, tạo ranhánh '' phá vỡ '' phân tử. Hành vi nàylàm giảm tính di động DNA trong acrylamide gel.Vì vậy, DNA mảnh vỡ của kích thước tương tự nhưng khác nhaucơ sở cặp tác phẩm sẽ hiển thị một phản ứng khác nhauđể các gradient denaturing. Khác nhauCác trình tự ADN mảnh sẽ có nóng chảytên miền với giá trị Tm khác nhau sẽ chạy khác nhaukhoảng cách trong DGGE gel. Một thời gian ngắn, DNA mảnh vỡ củachiều dài tương tự nhưng khác nhau trình tự sẽ được tách ratrong DGGE.DGGE có thể được thực hiện trong một trong hai vuông góc hoặcsong song biến tính gradient gel. Trong vuông gócgradient gel, denaturing gradient là vuông góctheo hướng điện và gradientphạm vi đó là thường rộng như 0-100% hoặc 20-100%;họ thường được sử dụng để phát hiện hành vi nóng chảymảnh DNA và để xác định bằng thực nghiệmdãy denaturing tối ưu để sử dụng song songthí nghiệm điện. Trong vuông góc độ dốcgel, chỉ có một mẫu có thể được nạp hoặc một hỗn hợpcủa amplicons mà hành vi nóng chảy làđược nghiên cứu. Trong DGGE song song, denaturing gradientlà song song với điện trường và phạm vi củadenaturants thu hẹp, cho phép một tách tốt hơn(Myers et al., 1987). Gel song song có nhiều nhấtthường được sử dụng vì chúng cho phép nhiều mẫuđể được nạp vào cùng một gel. Thời gian tối ưu của

Kết quả (Việt) 2:

các mảnh vỡ có thể được tách ra trong một biến tính
gel dốc dựa trên sự biến tính khác biệt của họ
(nóng chảy) profile. Các khía cạnh lý thuyết của sự tách biệt này
đã được mô tả đầu tiên bởi Fisher và Lerman
(1983). Trong một gel acrylamide, các điều kiện làm biến tính
được cung cấp bởi urê và formamid. Một giải pháp của
100% biến tính hóa học gồm 7 M urea và
40% formamid trong nước. Biến tính thấp và cao
các giải pháp được soạn thảo, trộn với acrylamide
giải pháp, và đổ vào một casting gel bằng cách sử dụng một gradient
cũ để tạo ra một gradient tuyến tính biến tính.
Hơn nữa, khi điện được thực hiện tại một hằng số
nhiệt độ giữa 55 và 65 JC , chủ yếu là 60 JC.
Trong một gel DGGE, các mảnh DNA đôi sợi đang
phải chịu một môi trường làm biến tính tăng lên khi
họ gặp phải gia tăng nồng độ của các biến tính
các đại lý và một phần làm tan chảy trong khu vực riêng
được gọi là '' các lĩnh vực nóng chảy. '' Nhiệt độ nóng chảy
(Tm ) của các lĩnh vực này là trình tự cụ thể. Khi
Tm của miền nhiệt độ nóng chảy thấp nhất đạt được, đó là một phần của
các mảnh vỡ bị tan chảy một phần, tạo ra các
phân nhánh '' phá vỡ 'phân tử ". Hành vi này
làm giảm sự di chuyển DNA trong gel acrylamide.
Do đó, các mảnh DNA có cùng kích thước khác nhau nhưng
tác phẩm cặp base sẽ hiển thị một phản ứng khác nhau
với gradient biến tính. Sự khác nhau
trình tự của các đoạn DNA sẽ có nhiệt độ nóng chảy
, lĩnh vực có giá trị khác nhau Tm mà sẽ chạy khác nhau
khoảng cách trong gel DGGE. Một thời gian ngắn, các đoạn ADN của
cùng độ dài nhưng trình tự khác nhau sẽ được tách ra
trong DGGE.
DGGE có thể được thực hiện ở một trong hai vuông góc hoặc
gel biến tính Gradient song song. Trong vuông góc
gel gradient, gradient biến tính là vuông góc
với hướng của các điện và gradient
tầm thường rộng như 0-100% hoặc 20-100%;
chúng thường được sử dụng để phát hiện các hành vi nóng chảy
các mảnh DNA và thực nghiệm xác định
phạm vi biến tính tối ưu để sử dụng song song
các thí nghiệm điện. Trong Gradient vuông góc
gel, chỉ có một mẫu có thể được nạp hoặc một hỗn hợp
của amplicon mà các hành vi nóng chảy là
được nghiên cứu. Song song DGGE, gradient biến tính
song song với điện trường và phạm vi của các
chất làm biến tính được thu hẹp, cho phép một tách tốt hơn
(Myers et al., 1987). Các gel song song được nhiều nhất
thường được sử dụng khi họ cho phép nhiều mẫu
được nạp trên gel cùng. Thời gian tối ưu của