3 CATALYTIC MECHANISMSUnderstanding

3 CATALYTIC MECHANISMS
Understanding the catalytic mechanism is an essential step in improving the performance of an enzyme. Classic biochemistry experiments for determin¬ing catalytic mechanisms involve the mutation of a set of residues in the active site to identify residues that are essential for the catalytic activity. Once these residues are identified and once a 3-D structure or a homology- built model of the enzyme is available, the next logical step is to obtain structural information of the binding mode of the proposed transition state inhibitors and optionally suicide inhibitors in an attempt to elucidate the details of the catalytic mechanism.
All of these methods not only provide valuable information on the catalytic mechanism, but all also provide ample room for different inter¬pretations of the experimental results as will be exemplified in the following.
3.1 Alpha-Amylases
In the a-amylases (17) and the related cyclodextrin glycosyltransferases (CGTases) (18), the active site includes three highly conserved acidic residues that can all potentially act as an acid/base catalyst or as the nucleophile in the catalytic mechanism. Mutation of any one of the three acids to the corre¬sponding amide leads to a significant loss of activity. However, while some research groups reported a complete loss of activity when knocking out any one of the three acids (19,20), other groups reported that traces of activity were present when mutating one or more of the active-site residues (21,22). Consequently, it was unclear which two protein residues were the true active residues. Only recent x-ray structural work (23) has been able to resolve the issue, although controversy still exists on the level of activity of the active-site

Kết quả (Việt) 1:

CƠ CHẾ TÁC DỤNG XÚC TÁC 3Hiểu biết về cơ chế tác dụng xúc tác là một bước quan trọng trong việc cải thiện hiệu suất của một loại enzyme. Thí nghiệm hóa sinh cổ điển cho cơ chế tác dụng xúc tác determin¬ing liên quan đến sự đột biến của một tập hợp các dư lượng trong các trang web đang hoạt động để xác định các dư lượng là rất cần thiết cho các hoạt động xúc tác. Một khi các dư lượng được xác định và một khi một cấu trúc 3-D hoặc một tương đồng-xây dựng mô hình của enzym có sẵn, bước tiếp theo hợp lý là để có được các thông tin về cấu trúc của các ràng buộc chế độ của quá trình chuyển đổi được đề xuất bang ức chế và tùy chọn tự sát ức chế trong một nỗ lực để làm sáng tỏ các chi tiết của cơ chế tác dụng xúc tác.Tất cả những phương pháp này không chỉ cung cấp thông tin giá trị về cơ chế tác dụng xúc tác, nhưng tất cả cũng cung cấp các phòng phong phú nhất inter¬pretations khác nhau của các kết quả thử nghiệm như sẽ được exemplified trong sau đây.3.1 alpha-amylaseCác một-Amylase (17) và liên quan cyclodextrin glycosyltransferases (CGTases) (18), hoạt động bao gồm ba dư lượng có tính axit cao bảo tồn có thể tất cả có khả năng hoạt động như một chất xúc tác axít/cơ sở hoặc như nucleophile trong cơ chế tác dụng xúc tác. Đột biến của bất kỳ một trong ba axít để Amit corre¬sponding dẫn đến một mất mát đáng kể của hoạt động. Tuy nhiên, trong khi một số nhóm nghiên cứu báo cáo một mất hoàn toàn hoạt động khi gõ ra bất kỳ một trong ba axít (19,20), các nhóm khác báo cáo rằng dấu vết của hoạt động hiện nay khi đột một hoặc nhiều trang web đang hoạt động dư lượng (21,22). Do đó, nó là không rõ ràng những dư lượng hai protein là dư lượng hoạt động đúng. Chỉ tại công việc cấu trúc x-quang (23) đã được khả năng giải quyết vấn đề, mặc dù tranh cãi vẫn còn tồn tại ở cấp độ của các hoạt động của trang web đang hoạt động

Kết quả (Việt) 2:

3 cơ chế xúc tác
Hiểu được cơ chế xúc tác là một bước quan trọng trong việc cải thiện hiệu suất của một enzyme. Thí nghiệm hóa sinh cổ điển cho determin¬ing cơ chế xúc tác liên quan đến sự đột biến của một tập hợp các dư lượng trong các trang web đang hoạt động để xác định dư lượng rất cần thiết cho các hoạt động xúc tác. Một khi các dư lượng được xác định và một khi một cấu trúc 3-D hoặc một mô hình homology- xây dựng của các enzyme có sẵn, các bước hợp lý tiếp theo là để có được thông tin cấu trúc của các chế độ liên kết của các chất ức chế trạng thái chuyển tiếp đề xuất và các chất ức chế tự tử tùy chọn trong một nỗ lực để làm sáng tỏ các chi tiết của cơ chế xúc tác.
Tất cả những phương pháp này không chỉ cung cấp thông tin có giá trị về cơ chế xúc tác, nhưng tất cả cũng cung cấp các phòng rộng rãi cho inter¬pretations khác nhau của các kết quả thử nghiệm như sẽ được minh họa dưới đây.
3.1 Alpha-amylase
Trong một-amylase (17) và các glycosyltransferases cyclodextrin liên quan (CGTases) (18), các trang web đang hoạt động bao gồm ba dư lượng axit bảo tồn cao mà tất cả các khả năng có thể hoạt động như một acid / base chất xúc tác hoặc là tác nhân nucleophin trong cơ chế xúc tác. Đột biến của bất kỳ một trong ba acid vào amide corre¬sponding dẫn đến một sự mất mát đáng kể của hoạt động. Tuy nhiên, trong khi một số nhóm nghiên cứu báo cáo một mất hoàn toàn hoạt động khi gõ ra bất kỳ một trong ba acid (19,20), các nhóm khác báo cáo rằng dấu vết hoạt động đã có mặt khi biến đổi một hoặc nhiều hơn các dư lượng hoạt động xây dựng (21, 22). Do đó, nó là không rõ ràng mà hai dư lượng protein là các dư lượng hoạt động đúng. Chỉ gần đây x-ray kết cấu làm việc (23) đã có thể giải quyết vấn đề, ​​mặc dù tranh cãi vẫn còn tồn tại trên mức độ hoạt động của các hoạt động tại chỗ