fingerprint of the bacterial commun

fingerprint of the bacterial community in an environmental
sample after a direct DNA extraction (Fig.
1). Briefly, an environmental sample (e.g., a food
sample) is subjected to DNA extraction obtaining a
mixture containing DNA from the bacterial species
occurring in the sample. Successively, the DNA
mixture is used as template in PCR amplifications
of particular variable DNA regions of taxonomic
interest by obtaining an amplified product that is a
mixture of amplicons from the species present in the
initial sample. All the amplicons have the same size
but different sequences, and can be thus separated by
DGGE. The final result is a fingerprint that is
specific of the sample analysed and contains a series
of bands relative to the microbial species present in
the sample. Identification of the species can be
achieved by purifying and sequencing the bands in
the DGGE profile.
The most commonly employed target for PCR
amplification prior to DGGE is the ribosomal DNA.
This is because it is a very conserved region of the
genome that also includes variable regions. Therefore,
primers can be designed by hybridizing to
conserved regions but spanning variable regions in
order to obtain PCR amplicons with species-specific
differences in base pair composition that can be
separated by DGGE. Several primer pairs have been
employed to amplify variable regions of the 16S
rDNA for Bacteria and 26S rDNA or 18S rDNA for
Eucarya. In Table 1, primer sets that have been used
to study microbial communities from food are described
and examples of studies performed on different
food products are reported.
4. Differentiation of bacterial species isolated from
food by PCR-DGGE
Different bacterial species have differences in
base pair composition within the variable regions
of the 16S rDNA, which makes it possible to
distinguish them by PCR-DGGE. In fact, each
species is theoretically supposed to yield a different
DGGE profile after the amplification of variable
regions of the rDNA. Analysis of the amplified
variable V3 region of the 16S rDNA was used to
differentiate and identify lactic acid bacteria isolated
from food (Ercolini et al., 2001a). Differences were

Kết quả (Việt) 1:

dấu vân tay of cộng đồng vi khuẩn in one môi trường mẫu after one khai thác ADN trực tiếp (hình. 1). one thời gian ngắn, an môi trường mẫu (ví dụ, one thực phẩm mẫu) must be chịu sự khai thác DNA lấy one hỗn hợp has DNA from loài vi khuẩn occurs in mẫu. Liên tục, DNA hỗn hợp used as as các bản mẫu in Đảng Cộng sản Romania khuyếch in the DNA biến cụ thể of phân loại quan tâm bằng cách lấy one sản phẩm Gain is one hỗn hợp of amplicon from loài hiện diện in the mẫu ban đầu. Tất all amplicon have the same kích thước but equal str, and làm That be tách ra bởi DGGE. Kết quả cuối cùng is one dấu vân tay which is cụ thể of mẫu phân tích and has contains a loat of the ban nhạc relative against Các loại vi khuẩn hiện diện in mẫu. Nhận dạng of the loài you can be đạt bằng cách thanh lọc and xác định trình tự các bản nhạc in cấu hình DGGE. Mục tiêu phổ biến nhất used cho Đảng Cộng sản Romania Các khuếch đại before DGGE is ADN ribosome. This is because it is a khu vực much bảo tồn of the bộ gen also includes biến fields. Do that, nền chất, mồi be thiết kế bởi lai tạo to preserve khu vực but khung biến fields out to have been Đảng Cộng sản Romania amplicon for loài cụ thể sự khác biệt in thành phần cơ sở cặp possible tách ra bởi DGGE. Một số cặp mồi was working for khuyếch đại biến fields of the following 16 rDNA cho vi khuẩn and 26 rDNA 18S rDNA or cho Eucarya. Trọng Bằng 1, mồi bộ already in use for nghiên cứu its cộng đồng vi sinh vật từ thực phẩm described and examples về nghiên cứu thực hiện trên khác nhau thực phẩm be báo cáo. 4. sự khác biệt of loài vi khuẩn phân lập từ thực phẩm của Đảng Cộng sản Romania-DGGE Loài vi khuẩn khác nhau has sự khác biệt in thành phần cơ sở cặp in the biến of rDNA 16, mà làm cho it possible phân biệt we bởi Đảng Cộng sản Romania-DGGE. Trọng thực tế, each loài theo lý thuyết is nghĩa vụ must be mang lại an equal DGGE hồ sơ after Gain of biến khu vực of rDNA. Phân tích of the Gain biến fields V3 rDNA 16 already in use for phân biệt and xác định vi khuẩn axit lactic bị cô lập từ thực phẩm (Ercolini and ctv., 2001a). Khác biệt is

Kết quả (Việt) 2:

dấu vân tay of cộng đồng vi khuẩn in one môi trường
mẫu sau one chiết DNA trực tiếp (Hình.
1). Tóm lại, a sample về môi trường (ví dụ như, one thực phẩm
mẫu) is đối tượng khai thác DNA thu be one
hỗn hợp may contain the DNA from loài vi khuẩn
appear in mẫu. Liên tục, the DNA
hỗn hợp used as a sample in khuyếch đại PCR
of individual fields of DNA biến phân loại
lãi suất bằng cách lấy one sản phẩm Gain which is one
hỗn hợp of amplicon from loài hiện diện in
mẫu ban đầu. Tất all amplicon have the same kích thước
khác nhau but trình tự, and làm That be ngăn cách bởi
DGGE. Kết quả cuối cùng is one dấu vân tay which is
cụ thể of mẫu phân tích and has contains a loat
the ban nhạc relative vậy with loài vi sinh vật hiện diện in
mẫu. Define the loài you can
be đạt bằng cách lọc and sort trình tự the ban nhạc in
hồ sơ cá nhân DGGE.
Các mục tiêu thường used nhất cho PCR
Gain trước ribosom while DGGE is DNA.
This is because it is a khu vực much is bảo vệ of the
gen then also include a biến khu vực. Do that,
mồi be thiết kế bởi lai tạo for
partitions bảo tồn but bao trùm fields biến in
to have been amplicon PCR with loài cụ thể
khác biệt in components cặp cơ sở which can be
ngăn cách bởi DGGE. Một số cặp mồi have been
used to Gain fields biến đổi of 16S
rDNA cho vi khuẩn and 26S rDNA 18S rDNA or cho
Eucarya. Trọng Bảng 1, cặp mồi already in use
for nghiên cứu cộng đồng vi khuẩn từ thực phẩm described
and examples about the nghiên cứu thực hiện trên khác nhau
Các sản phẩm thực phẩm been báo cáo.
4. Sự khác biệt of the loài vi khuẩn phân lập từ
thực phẩm bằng phương pháp PCR-DGGE
loài vi khuẩn khác nhau has sự khác biệt in
components cặp cơ sở in fields biến
of 16S rDNA, mà làm cho it possible
phân biệt them bằng PCR-DGGE. Trọng thực tế, each
loài is lý thuyết cho be mang lại an equal
hồ sơ DGGE after Gain biến
fields of rDNA. Phân tích of Gain
fields V3 biến of 16S rDNA used for
phân biệt and xác định vi khuẩn axit lactic be phân lập
từ thực phẩm (Ercolini et al., 2001a). Sự khác biệt is