For a reliable proteomic analysis t

For a reliable proteomic analysis the first critical step is
the preparation of protein samples compatible with 2-DE.
Each extraction strategy should take into consideration the
nature of sample tissue. For plant material this is particularly
true due to the high level and great variability of non-proteic
contaminants among plant species.
Recent results (SARRY et al. 2004) validated the TCA/
acetone precipitation for protein extraction in phenolic material,
e.g. grape berry. However, for other recalcitrant plant
material containing high level of phenols and soluble
polysaccharides (as tomato tissues, banana and avocado
mesocarp, orange peel), the phenol method showed a high
efficiency for protein extraction and resolution (ROSE et al.
2004, SARAVANAN and ROSE 2004). We have tried to establish
a method of protein extraction from grape roots and leaves.
Roots are critical organs for plant survival since they
belong to the first organs of the plant which are vulnerable
to different forms of stress such as drought, anoxia, and
high concentrations of salts or heavy metals in the soil, with
consequent effects on plants growth, production and quality
characteristics of the fruit. Successful 2-DE separation of
grape root proteins would permit to monitor global changes
that occur in the root proteome in response to these physiological
and/or environmental stimuli (THIELLEMENT et al.
1999, CHANG et al. 2000, OUERGHI et al. 2000, BAHRMAN et al.
2004).
The procedure carried out was the phenol-based method
(HURKMAN and TANAKA 1986, GRANIER 1988, MEYER et al.
1988) The final pellet obtained was easily solubilized in the
IEF solubilization buffer and we obtained a protein yield of
about 0.8 mg for 1 g of fresh weight. An example of a 2-DE
pattern obtained by phenol is shown in Fig.1.
The 2-DE gels with samples extracted by phenol revealed
more protein spots than the other two methods tested (Fig.1).
In silver-stained gels, more than 600 sharply focused spots
(estimated by ImageMaster 2-D Elite, Amersham) were revealed
ranging in the pH interval 3-10 and the kDa interval
ranging from 100 to 15. In the same intervals, in blue-stained
gels it was possible to visualize 300 well defined spots.
In comparison with the other two protocols, the quality
of the spots was high; even the basic polypeptides and
those in the low molecular weight region of the gel appeared
as round spots, well resolved and not diffused. Moreover,
the gel patterns obtained by phenol extraction had a greater
number of high molecular weight proteins.

Kết quả (Việt) 1:

Cho một phân tích đáng tin cậy proteomic bước quan trọng đầu tiên làviệc chuẩn bị của protein mẫu tương thích với 2-DE.Mỗi chiến lược khai thác nên đi vào xem xét cácbản chất của các mẫu mô. Đối với vật liệu này là đặc biệtthật sự do cao lớn và mức độ biến thiên của phòng không proteicchất gây ô nhiễm trong số các loài thực vật.Kết quả tại (SARRY ctv. 2004) xác nhận TCA /Acetone mưa cho protein khai thác tài liệu phenolic,Ví dụ: nho mọng. Tuy nhiên, đối với cây trồng khác ương ngạnhnguyên liệu có chứa mức độ cao của phenol và hòa tanpolysaccharides (như các mô cà chua, chuối và bơmesocarp, cam peel), phương pháp phenol cho thấy caohiệu quả cho protein chiết tách và độ phân giải (ROSE et al.Năm 2004, SARAVANAN và ROSE năm 2004). Chúng tôi đã cố gắng để thiết lậpmột phương pháp của protein chiết xuất từ nho rễ và lá.Rễ là cơ quan quan trọng cho sự sống còn của thực vật kể từ khi họthuộc về cơ quan đầu tiên của nhà máy đó là dễ bị tổn thươngCác hình thức khác nhau của sự căng thẳng như hạn hán, anoxia, vànồng độ cao của muối hoặc kim loại nặng trong đất, vớikết quả là sự tác động trên thực vật tăng trưởng, sản xuất và chất lượngđặc điểm của quả. Thành công 2-DE chia táchnho gốc protein sẽ cho phép theo dõi các thay đổi toàn cầucó xảy ra trong proteome gốc để đáp ứng các sinh lývà/hoặc môi trường kích thích (THIELLEMENT et al.Năm 1999, CHANG et al. 2000, OUERGHI et al. 2000, BAHRMAN et al.năm 2004).Thủ tục thực hiện là phương pháp dựa trên phenol(HURKMAN và TANAKA năm 1986, GRANIER 1988, MEYER et al.1988) miếng cuối cùng thu được một cách dễ dàng được solubilized trong cácIEF solubilization đệm và chúng tôi thu được một năng suất proteintrọng lượng khoảng cách 0.8 mg cho 1 g tươi. Một ví dụ về 2 DEMô hình thu được bằng phenol Hiển thị trong Fig.1.Gel 2-DE với mẫu chiết xuất bằng phenol tiết lộThêm protein điểm so với hai phương pháp thử nghiệm (Fig.1).Trong màu bạc gel, hơn 600 mạnh tập trung điểm(ước tính bởi ImageMaster 2-D Elite, Amersham) đã được tiết lộkhác nhau, ở vn khoảng 3-10 và đoạn kDakhác nhau, từ 100 đến 15. Trong cùng một khoảng thời gian, trong xanh-kính màugel có thể hình dung 300 cũng xác định điểm.So với các giao thức hai khác, chất lượngnhững điểm được cao; thậm chí polypeptid cơ bản vànhững người ở vùng thấp trọng lượng phân tử của gel xuất hiệnnhư vòng điểm, giải quyết tốt và không khuếch tán. Hơn nữa,Các mô hình gel thu được bằng cách khai thác phenol có một lớn hơnsố lượng trọng lượng phân tử cao protein.

Kết quả (Việt) 2:

Đối với một phân tích proteomic đáng tin cậy là bước quan trọng đầu tiên là
chuẩn bị các mẫu protein tương thích với 2-DE.
Mỗi chiến lược khai thác nên đi vào xem xét các
tính chất của mô mẫu. Đối với nguyên liệu thực vật này đặc biệt
đúng do mức độ cao và biến đổi lớn của phi proteic
chất gây ô nhiễm trong các loài thực vật.
Kết quả gần đây (Sarry et al. 2004) xác nhận các TCA /
acetone mưa để chiết xuất protein trong nguyên liệu phenolic,
ví dụ nho mọng. Tuy nhiên, đối với nhà máy ngoan cố khác
vật liệu có chứa mức độ cao của phenol và hòa tan
polysaccharides (như mô cà chua, chuối và bơ
mesocarp, vỏ cam), phương pháp phenol cho thấy một cao
hiệu quả để chiết xuất protein và độ phân giải (ROSE et al.
2004, Saravanan và ROSE 2004). Chúng tôi đã cố gắng thiết lập
một phương pháp chiết xuất protein từ rễ nho và lá.
Roots là những cơ quan quan trọng cho sự sống còn cây vì chúng
thuộc về các cơ quan đầu tiên của cây dễ bị tổn thương
với các hình thức khác nhau của sự căng thẳng như hạn hán, thiếu oxy, và
nồng độ cao các muối hoặc các kim loại nặng trong đất, với
hiệu ứng hậu quả về tăng trưởng thực vật, sản xuất và chất lượng
đặc trưng của quả. 2 công-DE tách
protein gốc nho sẽ cho phép theo dõi những thay đổi toàn cầu
xảy ra trong hệ protein gốc để đáp ứng với những sinh lý
kích thích và / hoặc môi trường (THIELLEMENT et al.
1999, CHANG et al. 2000, OUERGHI et al. 2000, BAHRMAN et al.
2004).
các thủ tục thực hiện là phương pháp phenol-based
(HURKMAN và TANAKA 1986, Granier 1988, MEYER et al.
1988) các viên cuối cùng thu được một cách dễ dàng hòa tan trong
hòa tan đệm IEF và chúng tôi thu được một lượng protein của
khoảng 0,8 mg cho 1 g trọng lượng tươi. Một ví dụ về 2-DE
mẫu thu được bằng phenol được thể hiện trong hình 1.
Các gel với mẫu chiết bằng phenol 2-DE tiết lộ
điểm protein hơn so với hai phương pháp khác được thử nghiệm (Hình 1).
Trong gel bạc màu, hơn 600 mạnh tập trung điểm
(theo ước tính của ImageMaster 2-D Elite, Amersham) đã được tiết lộ
khác nhau, trong khoảng pH 3-10 và khoảng kDa
khác nhau, từ 100 đến 15. trong khoảng thời gian đó, trong màu xanh-màu
gel nó đã có thể để hình dung 300 điểm được xác định rõ.
so với hai giao thức khác, chất lượng
của các điểm đã cao; thậm chí các polypeptide cơ bản và
những người trong khu vực trọng lượng phân tử thấp của gel xuất hiện
như những chấm tròn, cũng giải quyết và không khuếch tán. Hơn nữa,
các mẫu gel thu được bằng cách chiết xuất phenol có một lớn hơn
số protein trọng lượng phân tử cao.