ProteomicsAs mentioned previously,

Proteomics
As mentioned previously, Song et al. (2004) conducted
preliminary proteomic analysis of purified
virions of SGIV using a gel-based proteomics approach.
Using more advanced proteomic methods
(1-DE- MALDI and LC-MALDI), Song et al. (2006)
was able to more effectively identify proteins from
purified SGIV virions. As in their earlier study, these
virions were produced in an embryonic egg cell line
from grouper. Using these methods, 44 viral proteins
were identified, including 19 proteins that had previously
been identified by Song et al. (2004) (see
Chapter 9 in this book by Wu et al.). Taken together,
these two studies have identified 51 SGIV
proteins, which equals 32% of the predicted ORFs
as functional genes. Following on this work, Chen
et al. (2008) used proteomics to examine changes
in the proteomes of SGIV and the grouper embryonic
cell line following infection. These authors used
isobaric tags for relative and absolute quantification
(iTRAQ), which is a nongel-based technique that enables
the identification and quantification of proteins
from different sources in a single experiment (described
in Pierce et al. 2008 and references therein).
This is the first fish health application of this labeling
system. In this study, noninfected and infected
cells harvested at 48 HPI were individually labeled
with iTRAQ reagents. After labeling and further
processing, the samples were pooled and initially
separated by 2D-liquid chromatography with the resulting
fractions analyzed in a MALDI TOF/TOF
mass spectophotometer. Using these methods, these
authors were able to identify 49 viral proteins, including
11 that had not been found previously by
Song et al. (2004, 2006). As described below, they
also identified 743 host proteins, including several
whose abundance changed in response to infection.
Taken together, these studies demonstrate that,
even with a relatively simple fully sequenced
genome, it is still very difficult to obtain data on the
complete proteome, especially for pathogens that
must be grown in cell culture. The above statement
notwithstanding, these types of studies have
greatly improved our understanding of the biology
and mechanisms of pathogenesis of iridoviruses,
making it possible for the design of experiments to
confirm the function of specific transcripts and their
products, examples of which are described below.
Bioinformatic analysis of all fully sequenced iridoviruses
has identified the presence of an ORF
that is a putative RNase III gene. This gene has
been shown to be upregulated in iridoviruses in later
stages of infection by microarray and proteomic
analysis (Lua et al. 2005; Chen et al. 2006; Dang
Thi et al. 2007; Chen et al. 2008). In other groups of
viruses, this gene has been demonstrated to enhance
viral RNA silencing activity in host cells through
its interaction with the viral protein P22 (Kreuze
et al. 2005). Zenke and Kim (2008) conducted a
functional characterization of the putative RNase
III of the RBIV. These authors demonstrated the
function for this gene by producing recombinant
RBIV RNase III that degraded dsRNA. However, the
ionic requirements for its function differ from those
described for other RNase IIIs. On the basis of the

Kết quả (Việt) 2:

Proteomics
Như đã đề cập trước đó, Song et al. (2004) đã tiến hành
phân tích proteomic sơ bộ của thanh tẩy
của virion SGIV sử dụng một phương pháp proteomics gel dựa trên.
Sử dụng các phương pháp tiên tiến hơn proteomic
(1-de- MALDI và LC-MALDI), Song et al. (2006)
đã có thể xác định hiệu quả hơn các protein từ
virion SGIV tinh khiết. Như trong nghiên cứu trước đây của họ, các
virion được sản xuất trong một dòng tế bào trứng phôi
từ cá mú. Sử dụng các phương pháp này, 44 protein virus
được xác định, bao gồm 19 loại protein mà trước đây
được xác định bởi Song et al. (2004) (xem
Chương 9 trong cuốn sách này bởi Wu et al.). Cùng với nhau,
hai nghiên cứu này đã xác định được 51 SGIV
protein, tương đương 32% của ORFs dự đoán
như gen chức năng. Sau ngày làm việc này, Chen
et al. (2008) được sử dụng để kiểm tra những thay đổi proteomics
trong proteome trong SGIV và cá mú phôi
dòng tế bào sau khi bị nhiễm. Các tác giả đã sử dụng
thẻ đẳng áp để định lượng tương đối và tuyệt đối
(iTRAQ), mà là một kỹ thuật nongel dựa trên cho phép
xác định và định lượng protein
từ các nguồn khác nhau trong một thí nghiệm đơn (được mô tả
trong Pierce et al. 2008 và tài liệu tham khảo trong đó).
Điều này là ứng dụng sức khỏe cá đầu tiên của nhãn hiệu này
hệ thống. Trong nghiên cứu này, không nhiễm và nhiễm
các tế bào được thu hoạch tại 48 HPI được dán nhãn riêng
với iTRAQ thuốc thử. Sau khi ghi nhãn và tiếp tục
chế biến, các mẫu được gộp lại và bước đầu
tách bằng sắc ký lỏng-2D với các kết quả
phân tích trong một phân số MALDI TOF / TOF
spectophotometer đại chúng. Sử dụng các phương pháp này, các
tác giả đã có thể xác định 49 loại protein virus, bao gồm cả
11 mà đã không được phát hiện trước đây của
Song et al. (2004, 2006). Như được mô tả dưới đây, họ
cũng xác định 743 protein chủ nhà, trong đó có nhiều
người có sự phong phú thay đổi để đáp ứng với nhiễm trùng.
Tóm lại, những nghiên cứu chứng minh rằng,
ngay cả với một đầy đủ trình tự tương đối đơn giản,
hệ gen, nó vẫn còn rất khó khăn để có được dữ liệu trên
hệ protein hoàn chỉnh , đặc biệt là cho các mầm bệnh mà
phải được trồng trong nuôi cấy tế bào. Những tuyên bố trên
tuy nhiên, những loại nghiên cứu đã
cải thiện rất nhiều sự hiểu biết của chúng ta về sinh học
và cơ chế bệnh sinh của iridoviruses,
làm cho nó có thể cho các thiết kế của các thí nghiệm để
xác nhận các chức năng của bảng điểm cụ thể của họ và
sản phẩm, ví dụ trong số đó được mô tả dưới đây.
phân tích tin sinh học của tất cả các trình tự đầy đủ iridoviruses
đã xác định sự hiện diện của một ORF
đó là một gen RNase III giả định. Gen này đã
được chứng minh có upregulated trong iridoviruses ở sau
giai đoạn lây nhiễm bởi các microarray và proteomic
phân tích (Lua et al 2005;. Chen et al 2006;. Đặng
Thị et al 2007;. Chen et al 2008).. Trong các nhóm khác của
virus, gene này đã được chứng minh để tăng cường
hoạt động RNA silencing virus trong tế bào vật chủ thông qua
sự tương tác của nó với P22 protein của virus (Kreuze
et al. 2005). Zenke và Kim (2008) đã tiến hành một
đặc tính chức năng của các giả định RNase
III của RBIV. Các tác giả đã chứng minh các
chức năng của gen tái tổ hợp bằng cách sản xuất
RBIV RNase III rằng suy thoái RNA mạch kép. Tuy nhiên, các
yêu cầu ion cho chức năng của nó khác với những
mô tả cho IIIs RNase khác. Trên cơ sở của