olute interaction in the fasciclin-

olute interaction in the fasciclin-like assemblage

As discussed above, the prevalence of soluble ligands such as sugars, amino acids, and metabolic intermediates for different sequence superfamilies of the clade suggested an ancestral solute-binding role for these proteins. Analysis of the interactions with respect to the shared structural core of this assemblage suggests that the insert and the lateral shelf form an interface for soluble ligand interaction in fasciclin, GS-N, and phosphoribosyl-AMP cyclohydrolase domains [59,77,109]. Furthermore, in glutamine synthetase this interaction might indirectly contribute to catalysis via a conserved aspartate from this region that interacts with the substrate bound at the active site and helps in anchoring it there. This suggests that ancestral versions of this assemblage probably mediated a generic ligand interaction via a similar interface. The interactions of the L25 domain via this interface, if any, remain unknown. However, it is known to contact 5S rRNA via the exposed face [78]. FimD, which appears to be a distant relative of the fasciclin-like assemblage, assumes a classical barrel configuration, with the "open-end" of the barrel providing an interface for interacting with the FimC immunoglobulin domain [61]. Similar "open-ends" of topologically unrelated barrels like the OB fold, PRC, and SH3 barrels are known to mediate interactions with ligands in a like manner [110-112]. The loop between the penultimate two strands of the core FimD β-GF domain is one of the major determinants of the interaction and this feature is comparable to certain interactions of the phosphoribosyl-AMP cyclohydrolase domain (see below).

Kết quả (Việt) 1:

olute tương tác trong tổ hợp giống như fasciclinNhư được thảo luận ở trên, sự phổ biến của hòa tan ligand như đường, axit amin, và trao đổi chất trung gian nhất là các siêu họ khác nhau trình tự của nhánh đề nghị một vai trò tổ tiên chất tan-ràng buộc cho các protein. Phân tích của sự tương tác đối với chia sẻ cấu trúc cốt lõi của tổ hợp này cho thấy rằng chèn và thềm bên tạo thành một giao diện cho phối tử hòa tan tương tác trong lĩnh vực cyclohydrolase fasciclin, GS-N và phosphoribosyl-AMP [59,77,109]. Hơn nữa, ở glutamine synthetase tương tác này có thể gián tiếp đóng góp cho xúc tác thông qua một aspartate bảo tồn từ khu vực này tương tác với bề mặt bị ràng buộc tại trang web đang hoạt động và giúp trong thả neo nó có. Điều này cho thấy rằng các phiên bản tổ tiên của tổ hợp này có thể trung gian một tương tác chung phối tử thông qua một giao diện tương tự. Sự tương tác của vùng L25 thông qua giao diện này, nếu có, vẫn chưa được biết. Tuy nhiên, nó được biết đến để liên hệ với 5 rRNA qua mặt tiếp xúc [78]. FimD, dường như là một họ hàng xa của tổ hợp giống như fasciclin, giả định một cấu hình thùng cổ điển, với "mở" của thùng cung cấp một giao diện để tương tác với các FimC globulin miễn dịch tên miền [61]. Tương tự như "mở-kết thúc" của thùng rời không liên quan như gấp OB, Trung Quốc, và SH3 thùng được biết là trung gian tương tác với các ligand theo như [110-112]. Vòng lặp giữa hai sợi penultimate lõi FimD β-GF miền là một trong những yếu tố quyết định chính của sự tương tác và tính năng này được so sánh với một số tương tác của tên miền cyclohydrolase phosphoribosyl-AMP (xem bên dưới).

Kết quả (Việt) 2:

tương tác olute trong những tổ fasciclin giống như Như đã thảo luận ở trên, sự phổ biến của các phối tử hòa tan như đường, axit amin, các chất trung gian và trao đổi chất cho siêu họ tự khác nhau của nhánh đề nghị một vai trò chất tan ràng buộc của tổ tiên cho các protein này. Phân tích các tương tác đối với các cấu trúc cốt lõi chung của tổ hợp này có cho thấy rằng việc chèn và thềm bên tạo thành một giao diện tương tác ligand tan trong fasciclin, GS-N, và phosphoribosyl-AMP lĩnh cyclohydrolase [59,77,109]. Hơn nữa, trong glutamine synthetase tương tác này có thể gián tiếp góp phần xúc tác thông qua một aspartate được bảo tồn từ khu vực này tương tác với các chất nền ràng buộc tại các trang web đang hoạt động và giúp trong việc neo đậu nó ở đó. Điều này cho thấy rằng các phiên bản của tổ tiên của tổ hợp này có thể là trung gian tương tác ligand chung thông qua một giao diện tương tự. Sự tương tác của miền L25 thông qua giao diện này, nếu có, vẫn chưa được biết. Tuy nhiên, nó được biết đến liên hệ với 5S rRNA qua mặt tiếp xúc [78]. FimD, đó dường như là một người họ hàng xa của những tổ fasciclin-như, giả định một cấu hình thùng cổ điển, với sự "mở đầu" của thùng cung cấp một giao diện tương tác với các immunoglobulin miền FimC [61]. Tương tự như "mở đầu" của thùng topology không liên quan như OB lần, Trung Quốc, và SH3 thùng được biết đến để hòa giải các tương tác với các ligand trong một cách như [110-112]. Các vòng lặp giữa hai sợi áp chót của lõi FimD miền β-GF là một trong những yếu tố quyết định chính của sự tương tác và tính năng này có thể so sánh với một số tương tác của các miền cyclohydrolase phosphoribosyl-AMP (xem bên dưới).