Transcription factor binding analys

Transcription factor binding analysis
Microarrays have also been used in combination with chromatin immunoprecipitation
(Solomon et al., 1988) to determine the binding sites of transcription factors (Horak and
Snyder, 2002; Iyer et al., 2001). In brief, transcription factors (TFs) are cross linked to DNA
with formaldehyde and the DNA is fragmented. The TF(s) of interest (with the DNA to
which they were boud still attached) are affinity purified using either an antibody to the TF
or by tagging the transcription factor with peptide that’s amenable to affinity
chromatography (for example a FLAG-, HIS-, myc or HA-tag). After purification, the DNA
is released from the TF, amplified, labeled and hybridized to the array. This technique is
commonly referred to as “ChIP-chip” for Chromatin Immuno-Precipitation on a “chip” or
microarray.
As TF’s often bind quite a distance away from the genes that they regulate, the design of the
array and size distribution of the fragment length are interrelated. E.g. the array must contain
probes that will interrogate the region of DNA bound to the transcription factor. For bacteria
or yeast, the intergenic regions are fairly small and the same arrays used for gene expression
work can be applied to ChIP-chip. For mammalian genomes, the intergenic regions are large
and the TF often bind many kbp away from the gene of interest. Hence, for mammalian

Kết quả (Việt) 1:

Phân tích ràng buộc yếu tố phiên mãMicroarrays cũng đã được sử dụng kết hợp với chromatin immunoprecipitation(Solomon et al., 1988) để xác định các trang web liên kết của các yếu tố phiên mã (Horak vàSnyder, 2002; Iyer et al., 2001). Tóm lại, yếu tố phiên mã (TFs) là qua liên kết với ADNformaldehyde và ADN phân mảnh. TF(s) quan tâm (với DNA đểmà họ đã là boud vẫn còn gắn liền) có ái lực thanh tẩy bằng cách sử dụng hoặc là một kháng thể để lực lượng đặc nhiệmhoặc bằng cách gắn thẻ cho các yếu tố phiên mã với peptide được amenable để mối quan hệsắc ký (ví dụ: một lá cờ-, HIS-, myc hoặc HA-tag). Sau khi làm sạch, DNAđược giải phóng khỏi lực lượng đặc nhiệm, khuếch đại, đánh dấu và cặp vào các mảng. Kỹ thuật này làthường được gọi là "ChIP chip" cho Chromatin miễn dịch-mưa trên một phiến tinh thể"" hoặcMicroarray.Khi lực lượng đặc nhiệm của thường ràng buộc một khoảng cách xa các gen họ điều chỉnh, thiết kế của cácphân phối loạt và kích thước của chiều dài mảnh được tương quan. Ví dụ như các mảng phải chứađầu dò sẽ tra hỏi khu vực của ADN bị ràng buộc để các yếu tố phiên mã. Cho vi khuẩnhoặc nấm men, các khu vực intergenic là khá nhỏ và các mảng tương tự được sử dụng để biểu hiện gencông việc có thể được áp dụng cho ChIP chip. Đối với bộ gen động vật có vú, các khu vực intergenic là lớnvà lực lượng đặc nhiệm thường ràng buộc nhiều kbp xa gen quan tâm. Do đó, cho mammalian

Kết quả (Việt) 2:

Transcription yếu tố ràng buộc phân tích
gen chip cũng đã được sử dụng kết hợp với nhiễm sắc immunoprecipitation
để xác định các trang web liên kết của các yếu tố phiên mã (Solomon et al, 1988). (Horak và
Snyder, 2002; Iyer et al., 2001). Nói tóm lại, các yếu tố phiên mã (TF) là kết nối chéo để DNA
với formaldehyde và DNA là phân mảnh. TF (s) quan tâm (với DNA để
mà họ đã boud vẫn kèm theo) được ái lực tinh khiết bằng cách sử dụng một kháng thể với TF
hoặc bằng cách gắn thẻ các yếu tố phiên mã với peptide đó là tuân theo chung sở thích
sắc ký (ví dụ như một FLAG-, HIS -, myc hoặc HA-tag). Sau khi tinh chế, DNA
được phát hành từ TF, khuếch đại, dán nhãn và lai với mảng. Kỹ thuật này được
gọi chung là "ChIP-chip" cho Chromatin miễn dịch-Lượng mưa trên một "chip" hoặc
microarray.
Như TF thường được liên kết với một khoảng cách khá xa các gien có điều chỉnh, thiết kế của các
phân mảng và kích thước của chiều dài đoạn được nhau. Ví dụ như các mảng phải có
đầu dò sẽ thẩm vấn các vùng DNA liên kết với các yếu tố phiên mã. Đối với vi khuẩn
hoặc nấm men, các vùng intergenic là khá nhỏ và các mảng được sử dụng cho biểu hiện gen
làm việc có thể được áp dụng cho ChIP-chip. Đối với hệ gen động vật có vú, các vùng intergenic lớn
và TF thường ràng buộc nhiều kbp đi từ gen quan tâm. Do đó, đối với động vật có vú