domain of DNA ligase 1 forms a broa

domain of DNA ligase 1 forms a broad, relatively flat surface that interacts with the minor groove of
DNA. DNA ligase 1 discriminates against RNA-containing substrates, thus preventing ligation of Okazaki
fragments before the 5′ RNA primer is removed. These final processing steps of the Okazaki fragments by
the actions of FEN-1 and DNA ligase I each occur in association with PCNA.
Termination
In eukaryotes, replication probably continues until one fork meets a fork proceeding towards it from the
adjacent replicon. Some sequences have been identified at specific sites that can arrest the progress of DNA
replication forks in the genomes of eukaryotic cells, but it is not clear whether these are a common feature
associated with all origins. In E. coli, the replication forks meet each other at the terminus to generate two
daughter molecules. The terminus region contains sequence-specific replication arrest sites that block fork
progression and limit the end of the replication cycle to this region.
Histone deposition
As the replication fork moves through chromatin, nucleosomes in front of the fork are disassembled into H3-H4 tetramers (or dimers) and H2A-H2B dimers. Nucleosomes re-form within approximately 250 bp behind
the replication fork. Thus, histone deposition occurs almost as soon as enough DNA is available to form
nucleosomes (approximately 180 bp). Chromatin assembly factor 1 (CAF-1) brings histones to the DNA
replication fork via direct interaction with PCNA. CAF-1-dependent rapid histone deposition behind the
replication fork is necessary to prevent spontaneous DNA double-strand breaks and S phase arrest in human
cells. Exactly how a lack of nucleosome assembly leads to the formation of double-strand breaks remains to
be determined.
Assembly of nucleosomes on newly synthesized DNA occurs through a stepwise mechanism. Histones H3
and H4 form a complex and are deposited first, followed by two histone H2A-H2B dimers. The general
view has been that H3-H4 is deposited on DNA as a tetramer, but recent evidence suggest that deposition
occurs in dimer form (Fig. 6.15).
6.7Replication of organelle DNA
Currently, there is no consensus on the mode of replication of organelle DNA. The various models
proposed for mitochondrial DNA (mtDNA) and chloroplast DNA (cpDNA) replication remain
controversial.
Models for mtDNA replication
How mtDNA replicates remains a subject of debate. What is known for certain is that DNA polymerase γis
used exclusively for mtDNA replication and proofreading. Two models have been proposed for the mode of
mtDNA replication. One, called the strand displacement model, invokes continuous DNA replication. The
other, called the strand coupled model, proposes semidiscontinous DNA replication.
Strand displacement model
The strand displacement model (also called the strand asynchronous model) for mammalian mtDNA
replication is the most widely accepted, longest standing model (Fig. 6.16A). In this model, replication is
unidirectional around the circle and there is one replication fork for each strand. One strand is called the
light strand (L) and the other the heavy strand (H). The designation of the strands as H and L arose from
the observation that the two strands have different buoyant densities in denaturing CsCl density gradients
(see Fig. 6.2 for methods) due to a strand bias in base composition.

Kết quả (Việt) 1:

tên miền của DNA ligase 1 tạo thành một rộng, tương đối bằng phẳng bề mặt mà tương tác với các đường rãnh nhỏ của
DNA. DNA ligase 1 discriminates chống lại RNA có chứa chất, do đó ngăn ngừa ligation của Okazaki
mảnh trước khi mồi 5 ' RNA được lấy ra. Các bước sau xử lý cuối cùng của mảnh vỡ Okazaki bởi
các hành động của FEN-1 và DNA ligase tôi từng xảy ra trong Hiệp hội với PCNA
chấm dứt
Trong sinh vật nhân chuẩn, bản sao có thể tiếp tục cho đến khi một ngã ba gặp một ngã ba tiếp tục hướng tới nó từ các
replicon liền kề. Một số chuỗi đã được xác định tại các trang web cụ thể mà có thể bắt giữ tiến ADN
nhân rộng forks trong bộ gen của tế bào nhân chuẩn, nhưng nó là không rõ ràng cho dù đây là một tính năng phổ biến
liên kết với tất cả nguồn gốc. Trong E. coli, sao chép forks gặp nhau tại ga cuối để tạo ra hai
con gái phân tử. Vùng terminus có dành riêng cho trình tự nhân bản bắt giữ các trang web chặn ngã ba
tiến triển và giới hạn cuối cùng của các bản sao chu kỳ đến vùng này.
Histone lắng đọng
như ngã ba sao chép di chuyển qua bị, nucleosomes ở phía trước của ngã ba được tháo rời thành H3-H4 tetramers (hoặc nguyên) và H2A-H2B nguyên. Nucleosomes tái tạo trong vòng khoảng 250 bp phía sau
ngã ba sao chép. Vì vậy, lắng đọng histone xảy ra gần như ngay sau khi đủ DNA có sẵn cho các hình thức
nucleosomes (khoảng 180 bp). Yếu tố hội bị 1 (khu vực châu Phi-1) mang lại cho histones DNA
sao chép các ngã ba thông qua các tương tác trực tiếp với PCNA. CAF 1 phụ thuộc vào nhanh chóng histone lắng đọng đằng sau các
nhân bản ngã ba là cần thiết để ngăn chặn phá vỡ đôi sợi DNA tự phát và S giai đoạn bắt giữ trong nhân
tế bào. Chính xác làm thế nào một thiếu nucleosome hội dẫn đến sự hình thành của phá vỡ đôi sợi vẫn còn để
được xác định.
Lắp ráp nucleosomes trên vừa được tổng hợp DNA xảy ra thông qua một cơ chế stepwise. Histones H3
và H4 tạo thành một phức tạp và được gửi trước tiên, theo sau là hai histone H2A-H2B nguyên. Tướng quân
xem đã là rằng H3-H4 gửi vào ADN như một tetramer, nhưng tại bằng chứng cho thấy rằng lắng đọng
xảy ra trong hình thức dimer (hình 6.15).
6.7Replication organelle DNA
hiện nay, có là không có sự đồng thuận về chế độ bản sao của organelle DNA. Các mô hình khác nhau
đề xuất cho DNA ti thể (mtDNA) và Lạp lục DNA (cpDNA) bản sao vẫn còn
gây tranh cãi.
mô hình để nhân rộng mtDNA
cách mtDNA sao chép vẫn là một chủ đề gây tranh cãi. Những gì được biết đến nhất định là rằng γis DNA polymerase
sử dụng dành riêng cho mtDNA nhân rộng và proofreading. Hai mô hình đã được đề xuất cho các chế độ của
mtDNA nhân rộng. Một, được gọi là các mô hình trọng lượng rẽ nước strand, invokes liên tục DNA nhân rộng. Các
khác, được gọi là mô hình strand cùng, đề xuất semidiscontinous DNA nhân rộng.
Strand trọng lượng rẽ nước mô hình
strand trọng lượng rẽ nước mô hình (tiếng Anh thường gọi là mô hình không đồng bộ strand) cho các động vật có vú mtDNA
nhân rộng là được chấp nhận rộng rãi nhất, Mô hình đứng dài nhất (hình 6.16A). Trong mô hình này, sao chép là
unidirectional xung quanh vòng tròn và có là một ngã ba sao chép cho từng sợi. Một trong những sợi được gọi là các
ánh sáng strand (L) và khác nặng strand (H). Đề nghị của các sợi là H và L đã phát sinh từ
quan sát rằng hai sợi có mật độ khác nhau nổi trong biến tính CsCl mật độ gradient
(xem hình 6.2 cho phương pháp) do một thiên vị strand trong thành phần cơ sở.

Kết quả (Việt) 2:

lĩnh vực DNA ligase 1 hình thức một bề mặt tương đối bằng phẳng rộng tương tác với các rãnh nhỏ của
DNA. Ligase DNA 1 phân biệt đối xử chống lại chất RNA chứa, do đó ngăn ngừa thắt của Okazaki
mảnh vỡ trước khi sơn lót 5 'RNA được lấy ra. Các bước xử lý cuối cùng của Okazaki mảnh vỡ của
các hành động của FEN-1 và DNA ligase Tôi từng xảy ra gắn với PCNA.
Chấm dứt
Trong sinh vật nhân chuẩn, nhân rộng có thể tiếp tục cho đến một ngã ba gặp một ngã ba tiến về phía nó từ
Replicon lân cận. Một số trình tự đã được xác định tại các địa điểm cụ thể mà có thể bắt giữ tiến độ DNA
dĩa sao chép trong bộ gen của tế bào nhân chuẩn, nhưng nó không phải là rõ ràng cho dù đây là một tính năng phổ biến
liên quan đến tất cả các nguồn gốc. Trong E. coli, dĩa sao chép gặp nhau ở ga cuối để tạo ra hai
phân tử con gái. Khu vực ga cuối có sao chép các trang web bắt giữ trình tự cụ thể ngăn chặn ngã ba
tiến triển và hạn chế sự kết thúc của chu kỳ nhân rộng để khu vực này.
histone lắng đọng
Như ngã ba sao chép di chuyển qua nhiễm sắc thể nhân trước ngã ba được tháo rời thành H3-H4 tetramers ( hoặc chất nhị trùng) và chất nhị trùng H2A-H2B. Nucleosome tái hình thành bên trong khoảng 250 bp sau
ngã ba nhân rộng. Như vậy, histone lắng đọng xảy ra gần như ngay sau khi ADN có sẵn để tạo thành
nucleosome (khoảng 180 bp). Yếu tố lắp ráp nhiễm sắc 1 (CAF-1) mang các protein histone DNA
ngã ba nhân rộng thông qua sự tương tác trực tiếp với PCNA. CAF-1 phụ thuộc vào sự lắng đọng histone nhanh phía sau
ngã ba nhân rộng là cần thiết để ngăn chặn DNA tự nhiên vỡ hai sợi và S bị bắt trong giai đoạn con người
các tế bào. Chính xác làm thế nào một thiếu lắp ráp nucleosome dẫn đến sự hình thành của vỡ hai sợi vẫn còn để
được xác định.
hội thể nhân trên DNA mới được tổng hợp xảy ra thông qua một cơ chế từng bước. Histone H3
H4 và tạo thành một phức tạp và được gửi đầu tiên, tiếp theo là hai chất nhị trùng histone H2A-H2B. Tổng
điểm đã được rằng H3-H4 được lắng đọng trên DNA như một tetramer, nhưng bằng chứng gần đây cho thấy lắng đọng mà
xảy ra ở dạng dimer (Hình 6.15).
6.7Replication của bào quan DNA
Hiện nay, không có sự đồng thuận về phương thức nhân rộng bào quan DNA. Các mô hình khác nhau
được đề xuất cho DNA ty thể (mtDNA) và lục lạp DNA (cpDNA) nhân rộng vẫn còn
gây tranh cãi.
Mô hình để nhân rộng mtDNA
Làm thế nào mtDNA tái tạo vẫn còn là một chủ đề của cuộc tranh luận. Những gì được biết đến với một số là DNA polymerase γis
sử dụng độc quyền để nhân rộng mtDNA và soát lỗi. Hai mô hình đã được đề xuất cho chế độ của
mtDNA nhân rộng. Một, gọi là mô hình chuyển sợi, gọi sao chép DNA liên tục. Các
khác, được gọi là mô hình sợi kết, đề xuất sao chép DNA semidiscontinous.
Strand mô hình chuyển
Mô hình chuyển sợi (còn gọi là mô hình không đồng bộ sợi) cho mtDNA động vật có vú
nhân rộng, mô hình đứng được chấp nhận rộng rãi nhất dài nhất (Hình 6.16A). Trong mô hình này, nhân rộng là
một hướng vòng tròn xung quanh và có một ngã ba bản sao cho mỗi sợi. Một sợi được gọi là
sợi ánh sáng (L) và một sợi nặng (H). Việc chỉ định các sợi như H và L phát sinh từ
quan sát rằng hai sợi có mật độ sôi khác nhau trong biến tính CsCl gradient mật độ
(xem hình. 6.2 cho các phương pháp) do một sự thiên vị trong thành phần sợi cơ sở.