GC-MS và LC-MS thường sử dụng cơ chế hoàn toàn khác nhau cho ion. Ở GC-MS mẫu thường ban trực tiếp (EI), hoặc gián tiếp (CI) bởi một chùm electron. Các điện tử năng lượng cao gây ra sự hình thành của các ion gốc tự do. Đây là các ion bởi vì họ đã mất một điện tử, do đó, họ có cùng khối lượng như cha mẹ, nhưng một số lẻ của các điện tử
đang được dịch, vui lòng đợi..