Figure 6.14 Human DNA ligase I enci

Figure 6.14 Human DNA ligase I encircles DNA during ligation.(A) Enzymatic ligation of DNA involves
three steps. (1) An enzyme–AMP complex is formed by the attack of lysine (lys) on the α-phosphate of ATP (or NAD
+
)
releasing inorganic pyrophosphate (PP
i
) or nicotinamide mononucleotide (NMN). (2) The 5′ phosphate (5′ P) of the
nicked DNA strand (downstream) attacks the lys–AMP intermediate to form an AppDNA intermediate (pyrophosphate
linkage, 5′ P to the 5′ phosphate of AMP). (3) The 3′-OH terminated end of the nicked strand (upstream) attacks the
5′ P of AppDNA, covalently joining the DNA strands and releasing AMP. (B) Molecular surface of the ligase I–DNA
complex. Three domains of ligase I surround the AppDNA reaction intermediate. The catalytic core is composed
of the adenylation domain (green) and the OB fold (yellow). The DNA-binding domain is shown in orange. The
adenylation domain is semitransparent to highlight the AMP cofactor held within the active site. (Inset) Stereo view of
the OB fold domain (yellow) as it distorts the DNA duplex, resulting in an A- to B-form transition of DNA structure
across the nick (red to blue nucleotides). The DNA helical axis (gray line) shifts by more than 5 Å at the nick site.
(Protein Data Bank, PDB:1X9N. Adapted by permission from Nature Publishing Group and Macmillan Publishers Ltd:
Pascal, J.M., O’Brien, P.J., Tomkinson, A.E., Ellenberger, T. 2004. Human DNA ligase I completely encircles and
partially unwinds nicked DNA. Nature432:473– 478. Copyright © 2004.)

Kết quả (Việt) 1:

Con số 6,14 DNA của con người ligase tôi bao quanh DNA trong ligation.(A) enzym ligation của DNA liên quan đến
ba bước. (1) một khu phức hợp enzym-AMP được hình thành bởi cuộc tấn công của lysine (lys) α-phosphate ATP (hoặc NAD

)
phát hành pyrophotphat vô cơ (PP
tôi
) hay nicotinamide mononucleotide (NMN). (2) phốt phát 5 ' (5 ' P) của các
nicked chuỗi ADN (hạ lưu) tấn công các trung gian lys-AMP để tạo thành một trung gian AppDNA (pyrophotphat
liên kết, 5 ' P để phosphat 5 ' của AMP). (3) vào cuối 3 '-OH chấm dứt các cuộc tấn công nicked strand (đường truyền tải lên) các
5 ' P AppDNA, một gia nhập các sợi DNA và phát hành AMP. (B) các bề mặt phân tử của ligase tôi-DNA
phức tạp. Ba tên miền của ligase tôi bao quanh phản ứng AppDNA trung gian. Lõi xúc tác bao gồm
của adenylation tên miền (màu xanh lá cây) và OB gấp (vàng). Tên miền DNA-ràng buộc được hiển thị trong màu da cam. Các
adenylation tên miền là semitransparent để làm nổi bật AMP cofactor tổ chức trong vòng các trang web đang hoạt động. (Ghép) Âm thanh nổi cái nhìn của
OB gấp miền (màu vàng) như nó distorts kép ADN, kết quả là một quá trình chuyển đổi dạng A đến B của cấu trúc DNA
qua nick (đỏ sang màu xanh nucleotide). DNA xoắn trục (màu xám dòng) thay đổi hơn 5 Å tại trang web của nick.
(Protein Data Bank, PDB:1X9N. Chuyển thể bởi sự cho phép từ thiên nhiên Publishing Group và Macmillan nhà xuất bản Ltd:
Pascal, JM, O'Brien, PJ, Tomkinson, A.E., Ellenberger, T. năm 2004. Con người DNA ligase tôi hoàn toàn bao quanh và
một phần unwinds nicked DNA. Nature432:473– 478. Bản quyền © 2004.)

Kết quả (Việt) 2:

Hình 6.14 Nhân DNA ligase tôi bao quanh DNA trong thắt. (A) thắt enzyme DNA liên quan đến
ba bước. (1) Một phức tạp enzyme-AMP được hình thành bởi sự tấn công của lysine (lys) trên α-phosphate của ATP (hoặc NAD
+
)
phát hành pyrophosphate vô cơ (PP
i
) hoặc nicotinamide mononucleotide (NMN). (2) 'phosphate (5' 5 P) của
sợi DNA mẻ (hạ lưu) tấn công lys-AMP trung gian để tạo thành một AppDNA trung gian (pyrophosphate
liên kết, 5 'P 5' phosphate của AMP). (3) Sự kết thúc 3'-OH chấm dứt của sợi mẻ (thượng nguồn) tấn công
5 'P của AppDNA, liên kết hóa trị tham gia vào sợi DNA và phát hành AMP. (B) bề mặt phân tử của ligase I-DNA
phức. Ba lĩnh vực ligase tôi bao quanh phản ứng AppDNA trung gian. Cốt lõi xúc tác bao gồm
các lĩnh vực adenylation (màu xanh) và lần OB (màu vàng). Lĩnh vực DNA được thể hiện trong màu da cam. Các
miền adenylation được bán trong suốt để làm nổi bật các đồng yếu tố AMP tổ chức trong hoạt động trang web. (Inset) xem Stereo của
miền OB lần (màu vàng) vì nó làm biến dạng song DNA, kết quả là một A-B-hình thức chuyển dịch cơ cấu DNA
trên nick (màu đỏ để nucleotide màu xanh). Trục xoắn DNA (đường màu xám) thay đổi hơn 5 Å tại trang web nick.
(Protein Data Bank, PDB. 1X9N Phỏng theo sự cho phép của Nature Publishing Group và Macmillan xuất bản Ltd:
Pascal, JM, O'Brien, PJ, . Tomkinson, AE, Ellenberger, T. 2004 DNA ligase con người tôi hoàn toàn bao quanh và
một phần tháo DNA mẻ Nature432: 473-478 Copyright © 2004)...